一、受理申请
船舶登记业务主管在接受申请人的申请时，应当：
1对申请船舶所有权登记和船舶国籍的，确认申请的船舶登记内容在主管机关对本登记机关的登记授权权限范围内以，并符合《船舶登记条例》第九条的规定。否则，不予受理，并告知其理由及应选择的船舶登记机关。
2确认申请内容明确、真实，申请材料齐全。否则，不予受理。
3接收申请材料，受理申请，并在《船舶登记审批单(以下简称《审批单》，格式附后)中填写申请人的基本情况、申请内容和受理日期。
二、初审
初审由船舶登记业务主管完成。初审人应当：
1确认申请书填写的内容与所附材料相一致，并按照《船舶登记条例》及相关文件的要求对申请人所提交的材料进行审核。
2在《审批单》审核意见栏填写初审意见，签名并注明日期。
3将申请材料送交复审人。
三、复审
复审由船舶登记业务主管部门领导或其指定的工作人员完成。复审人应当；
1确认申请书填写的内容与所附材料相一致，并按照《船舶登记条例》及相关文件的要求对申请人所提交的材料进行审核。
2在《审批单》审核意见栏填写同意或不同意(及不同意的理由)意见，签名并注明日期。
3同意办理登记的，将申请材料送交审批人。
4不同意办理登记的，由初审经办人发出书面通知，将申请材料退回申请人(申请表不退)，在《审批单》上注明申请材料已退回，并由申请人签收。
四、审批
审批由船舶登记机关主管领导或其授权的船舶登记业务主管部门领导完成。审批人即为证书签发人。审批人应当：
1核查申请书主要内容及《审批单》。
2在确认有关内容准确无误的情况下，在《审批单》审核意见栏填写同意发证意见，签名并注明日期。该日期即为证书签发日期。
3对审核有误的，退回审核人再审。
4对不同意发证的，在《审批单》审核意见栏填写不同意发证意见及理由，签名并注明日期，交船舶登记业务主管按本程序3、4项要求退回申请人。
五、发证
1船舶登记业务主管根据审批人同意发证的意见，在《审批单》上填写船舶登记号(核发船舶所有权登记证书和船舶国籍证书时)。
2船舶登记业务主管根据登记内容将有关情况录入微机管理数据库，并打印有关登记记录收入船舶登记簿。
3船舶登记业务主管或登记机关指定的专门的证书制作人根据《审批单》制作证书，加盖船舶登记专用章。证书制作完毕，由船舶登记业务主管通知申请人领取证书。
4申请人领取证书时，船舶登记业务主管将应退还的文件原件加盖“业已登记”印章并签注日期后退还申请人，在申请书相应栏目中注明并要求申请人签收，同时收取有关费用并发放证书。
5证书制作人、校核人、发放人应分别在《审批单》相应栏目签字并注明日期。制证人还应在备注栏注明所发放证书的印刷流水号。