办理过程如下：
受理申请
船舶登记业务主管在接受申请人的申请时，应当：
1.对申请船舶所有权登记和船舶国籍的，确认申请的船舶登记内容在主管机关对本登记机关的登记授权权限范围内，并符合《船舶登记条例》第九条的规定。否则，不予受理，并告知其理由及应选择的船舶登记机关。
2.确认申请内容明确、真实，申请材料齐全。否则，不予受理。
3.接收申请材料，受理申请，并在《船舶登记审批单(以下简称《审批单》，格式附后)中填写申请人的基本情况、申请内容和受理日期。
初审
初审由船舶登记业务主管完成。初审人应当：
1.确认申请书填写的内容与所附材料相一致，并按照《船舶登记条例》及相关文件的要求对申请人所提交的材料进行审核。
2.在《审批单》审核意见栏填写初审意见，签名并注明日期。
3.将申请材料送交复审人。
复审
复审由船舶登记业务主管部门领导或其指定的工作人员完成。复审人应当；
1.确认申请书填写的内容与所附材料相一致，并按照《船舶登记条例》及相关文件的要求对申请人所提交的材料进行审核。
2.在《审批单》审核意见栏填写同意或不同意(及不同意的理由)意见，签名并注明日期。
3.同意办理登记的，将申请材料送交审批人。
4.不同意办理登记的，由初审经办人发出书面通知，将申请材料退回申请人(申请表不退)，在《审批单》上注明申请材料已退回，并由申请人签收。
审批
审批由船舶登记机关主管领导或其授权的船舶登记业务主管部门领导完成。审批人即为证书签发人。审批人应当：
1.核查申请书主要内容及《审批单》。
2.在确认有关内容准确无误的情况下，在《审批单》审核意见栏填写同意发证意见，签名并注明日期。该日期即为证书签发日期。
3.对审核有误的，退回审核人再审。
4.对不同意发证的，在《审批单》审核意见栏填写不同意发证意见及理由，签名并注明日期，交船舶登记业务主管按本程序3、4项要求退回申请人。
发证
存档
船舶登记业务主管将留存的申请材料和证书副本或复印件整理，与《审批单》一起存入该船登记档案，并在船舶登记工作台帐中记入归档情况。