在16世纪，西班牙有两个主要的造船地区：西班牙北部巴斯克海岸从拉库那到圣坦德；南部的安达卢西亚沿海包括繁忙的港口城市卡蒂兹和塞维利亚。由于种种原因，从巴塞罗那到卡特吉那的地中海沿岸地区并不适合建造大帆船，尽管这里是西班牙桨划船的主要产地。1580年以后，西班牙人可以在葡萄牙接近里斯本的塔霍河口附近建造船只。在欧洲其他地区西班牙很少有可利用的港口资源，意大利、西西里、乃至法兰德斯的那些曾建造战舰的地方都很少能为西班牙提供造船服务，除非是那些建成后被西班牙王室所购买的船只。最终，1610年以后，西班牙人可以在加勒比海建造大帆船了，哈瓦那拥有新大陆最大的船坞，17世纪上半叶，这里建造了大量的西班牙大帆船用于印度群岛的护航任务。西班牙本土的卡特吉那也可以进行大帆船的建造，但这里大部分的生产能力被用于建造更小一些的巡逻船只，并要负责为到此的西班牙大帆船提供维修服务。在这么多的造船地区中，最受关注的要数西班牙北部的毕尔巴鄂以及其附近的地区，当然，得益于古巴优质的木材，对哈瓦那的关注也在与日俱增。的确，原料的供给是至关重要的，毕尔巴鄂的橡木就比德国中北部地区的更加优质，作为大炮制造中心的巴斯克拥有着繁荣的钢铁制造业。悠久的海上贸易传统会成为另一个优势，拥有同北部欧洲广泛的贸易网将为造船提供稳定的原材料，比如说做桅杆用的松木，还有松脂、帆、绳索的原材料。大部分的大帆船是由橡木建造的，但哈瓦那建造的西班牙大帆船是采用红木作为原料的，因而它们更加出色。
西班牙大帆船常常是由那些和西班牙官方签定契约的私人造船主负责建造的。就引用马丁-德-阿拉马的例子吧，他是一名来自维诗凯亚的巴斯克小贵族，他在1625年为西班牙王室提供造船服务。西班牙王室有着一项从17世纪初就开始执行的政策，该政策旨在给为西班牙王室提供帮助的私人造船主提供经济上的支持和奖励。在承接了造船工作后，马丁希望自己和家人能优先享到该项政策。在此之前，在尝试经营官方的船坞失败后，ZF强迫私人造船主采用合股的方式和官方的造船工一起经营工作，这是一个导致低效率的政策，制造过程漫长同时成本失去控制的攀升。当时，大多数的船坞都很简陋，帆船大都在露天环境建造，在那个时代，原料和高效的熟练工远比精良的器具重要的多。
相应的规定管理着设计、原料供给和制造过程中的几乎所有方面，从艉柱上斜坡的角度到将供应的原材料除湿的方法都有相关的说明，除此之外，船只的建造过程规定的简单明了。首先是木材的选择，被选中的树木通常在干燥的冬季就已经被砍伐了。船龙骨将被平置在一块空地上，它的长度将决定船完工时的尺寸，然后再将船艏和船尾加上去，安装时它们和龙骨所成倾角的大小，官方都有相关的规定进行严格的限定。一直到16世纪晚期，设计往往是一项凭借经验作出判断的工作，不过1580年以后，设计工作开始按照数学原理进行安排，工人们必须测量每个参数，只要确定了船幅这一最关键的参数，其他的参数我们都能按照相应的比例算出。下面的步骤就是船肋的建造，从搭造主船肋开始，构建出船舷上缘以下部分船体的基本轮廓。船肋外形多样，安装在中部的呈U型，尾部的呈V型，这和成船的外型是一致的，加上船舷的上缘后，整个船壳就被搭造完成了。一艘龙骨长度为24米的船需要33对船肋。
甲板的配置工作随后展开，一般是用角铁来固定和支撑甲板的。虽然说在服役期间，临时往中间层里塞一些东西是非常有必要的，但紧挨着龙骨的甲板和下层甲板间的货舱常常还是被空置着。桅座被放置在合适的位置，围绕着它的大量支撑使之很好的嵌入船体中。紧接着的工作是，使用木栓和铁钉进行外层甲板和船壳外皮的铺设工作。使用铁钉后工期会比较短，但性能不可靠，最好的外壳要将两种材料结合起来使用，使得木材“坚而不脆；柔而不软”。
西班牙大帆船“阿托卡夫人号”号建于哈瓦那，为了节约成本，承包商在它的建造过程中全部采用了铁钉，因而导致船体外壳过硬。这件事情直接导致了一次官司，王室空诰造船者缺乏足够的造船经验。后来这艘船于1622年在一场暴风中沉没，直到此时，这场官司才得以收场。
外壳由木制的加衬铺设直至龙骨，加衬间塞上大麻纤维使之尽可能的严密，再在外面刷上一层柏油，渗入到缝隙中，从而起到防水的作用。
在加勒比海，蛀船虫和其他海上食木生物是致命的危险，为了保护外壳，使船能够航行在印度群岛，水线以下的外壳被一层薄铅板所覆盖着，在铅板和木制的加衬间隔着一张涂了柏油帆布，作为最后的预防措施，下半部分的外壳将再被刷上一层柏油与植物油或动物油的混合物。桅杆被放置在合适的位置，接着，索具被安装在大量用于固定索具的支撑物上，最后是舵的安装，舵栓被挂在艉柱上。同后来的帆船不同的是，大帆船是使用舵柄来控制方向的，通过挥动舵柄来改变舵的位置，人站在舰桥上就可以控制船的方向。布置完索具后，还要进行内部隔壁、阶梯、起锚机的安装，升起横桅后西班牙大帆船的建造就这样完工了。从开始到完成的整个过程大约需要花费两年时间。
船只的承造商一般会分三到四个阶段收取他们的佣金，这一般是在签署合同后，设计完成后以及最终完工后获得的。从现存档案中的诉讼中可以看出支付的过程非常简单，实质上是由官方官员来负责监督每一个建造阶段的，他们要检查建造过程中每一个要素是否符合ZF的规程。无疑这为腐败提供了广阔的空间，因而ZF高层要周期性的向下派遣调查和审计人员来确保相关官员没有欺诈行为。承造商在建造过程中需要垫付原材料的费用，为雇佣技术工人而承受高昂的人力成本，为官方巡视员提供住宿，然后在等待着随后的佣金支付。显然整个过程还是值得的，当契约被提交上去后，承造商在进行其他利润项目的竞争时会获得优先考虑。
官方将船接收后，船将加装上其他没有包含在造船合同里物品，这其中包括：武器装备、航海器械、提灯、船载小艇（常常被挂在船尾或者吊在船舯部）还有其他的多种必需品。接下来就要对船进行一些修饰，通常会在船尾画上人物的肖像，一般会选择圣人，比如说圣母玛利亚或者其他的圣者，而船就是以他们的名字命名的。船尾楼、船首像会被镶上金箔，如果资金充裕其他的地方也会被镀上。此外，在船的内部还没有上漆的时候，外壳上部和甲板上的建筑会被一道一道的刷过，一般黑色或者褐色是主色调，搀杂着一些明黄、红、蓝或者是白颜色。每一个桅杆上都会挂有旗帜，这通常是皇家海军的军旗，当船隶属于一支特殊的舰队或者本身就是旗舰的时候，甲板上会挂出附加的旗帜。最后的步骤就是给船装上给养，这一过程可能要花上几个星期甚至数月，然后，大帆船就可以正式服役了。
甲板的命名是从中世纪城堡设计而不是舰船设计发展而来，船舱和炮位的叫法和其他的西班牙帆船是一样的。主桅杆后面的船尾楼开始一层层高起，就象是一个遮阳蓬，这是早期帆船为取得保护而采取的权益之计，这块地方通常被认为是“堡垒”，尾楼的顶端是放置在船尾甲板尽头的一个象蓬顶一样的小舱，这又是一个基于那个原理的临时性的保护。尾楼下面一直延伸到船腰的休息室是为船上高级岗位的人员准备的。船首楼也被认为是“城堡”，从前后这两个船楼的建造中我们可以了解到西班牙海军的传统战术思想，依靠步兵进行登船作战而不是炮火去取得胜利。此外，高耸的建筑结构会对航行质量造成不利影响，在大风中船将很难控制，几乎无法逆风航行。实际上，西班牙大帆船并没有象刚才描述的那样笨拙，与同时代的克拉克帆船或者其他的帆船相比，他们已经可以算得上敏捷了。他们拥有着优美的线形，高耸的船尾又显得是那样的壮观，就象是一个满载着训练有素的士兵的移动堡垒。