1. 水下考古船
博物馆主体工程的灵魂是“水晶宫”，为一巨型玻璃缸，其水质温度及其他环境与“南海一号”沉船所在海底位置完全一致，“南海一号”沉船打捞出水后，将从海底平移到“水晶宫”内，供人们观赏，游客将可以看见水下考古工作者潜水发掘打捞文物示范表演。此种保护和陈列设计方案，在世界范围的考古类主题博物馆中前所未有。
据了解，“南海一号”沉船为一九八七年八月发现于广东阳江海域内的宋代沉船，是迄今为止考古发现的年代最久远、保存最完整、文物储存最多的远洋货船。中国历史博物馆水下考古队初探发现，整船装载文物约有五万至八万件，相当于一个省级博物馆的馆藏量，目前打捞出水四千多件，多为国家一级文物。
2. 考古沉船打捞
南海一号！
是南宋初期一艘在海上丝绸之路向外运送瓷器时失事沉没的木质古沉船，沉没地点位于中国广东省（台山市海域），1987年在阳江海域发现，是国内发现的第一个沉船遗址，距今800多年，但因技术及资金问题而延迟研究。
“南海一号”是迄今为止世界上发现的海上沉船中年代最早、船体最大、保存最完整的远洋贸易商船，它将为复原海上丝绸之路的历史、陶瓷史提供极为难得的实物资料，甚至可以获得文献和陆上考古无法提供的信息。此后试探发现，船上载有文物6万至8万件，且有不少是价值连城的国宝级文物。
3. 打捞古代沉船
海上航行的船舶由于多种原因，导致海水进入船舱，使得船舶浮力不足而沉没。要打捞沉船，就得让沉船恢复它的浮力，才能使沉船浮出水面，重见光明。量得恢复它的浮力！由此出现了浮力打捞法。 浮力打捞法就是让沉船恢复浮力，使沉船浮出水面。我国古代怀丙和尚就用这个方法打捞沉船。浮力打捞法具体过程：先在船上放泥沙，然后把绳子一头栓在船上，另一头栓在要打捞的船上，把泥沙从船里抛出去，船质量减轻，由于水的浮力作用上浮，沉船浮出水面。我国古代怀丙和尚用这个方法将沉船打捞上来。现在打捞沉船方法很多，常用打捞方法是浮筒打捞法，即用若干浮筒在水下充气后，借浮力将沉船浮出水面。由于采用浮筒打捞法打捞沉船，产生的水浮力大而可靠，施工方便、安全，所以经常使用浮筒打捞法来打捞沉船。 打捞沉船其他方法有：恢复浮力法、浮船坞打捞、解体打捞法、浮力材料法、充气打捞法、围堰打捞法、泡沫塑料打捞法等多种。在不同情况下，可以采用不同的打捞沉船方法。如对沉没于江河或近海较浅水域的沉船、沉物，可采用恢复浮力法打捞。对于沉没于远海或大洋深处水域的沉船、沉物，可采用浮船坞打捞法打捞。对于较小水塘的打捞可用围堰打捞法。对于不能整体打捞的沉船、沉物可采用水下解体打捞法打捞。若这个沉船没有任何打捞价值，比如水泥运输船，又占据了航道，可不必打捞，直接在水中用炸药炸毁，以清理航道。 当然,现在也有很多专业的沉船打捞公司.
4. 中国水下考古沉船
真实。
最近，随着我国水下考古进程的不断推进，继2007年国家斥巨资在南海打捞出了南海一号宋代古沉船后，考古工作者们加紧步伐，又在东海打捞出了4艘装满各种珍宝的英国沉船。
这4艘英国沉船中装的是第二次鸦片战争时，英国列强从圆明园中掠夺的财宝。或许在运输途中出现意外，这批珍宝因为海难最终还是留在了中国领域。
5. 考古01船
明朝的船。 发现过程： 2007年，有渔民潜入南澳岛东南三点金海域的乌屿和半潮礁之间的海底作业时，无意发现了一艘载满瓷器的古沉船。 2007年5月25日、26日，南澳县云澳边防派出所根据线报，两次抓获非法打捞水下文物嫌疑人10名，查扣文物138件，其中10件是国家三级文物。经广东省文物鉴定站鉴定，这批文物主要为明代瓷器。 2008年7月21日，按计划汕头“南澳Ⅰ号”打捞船“南天顺”。将满载着出水的万余件文物离开南澳海域，驶往广州。汕头“南澳Ⅰ号”水下考古队经过三个多月的努力，圆满完成了2010年水下考古计划。 汕头“南澳Ⅰ号”水下考古打捞的文物会随打捞船运到广州，交由广东省博物馆进行处理、保护。4名云澳边防派出所官兵将随船执行保卫警戒任务，确保万余件船载文物安全万无一失。 2011年4月23日，南澳Ⅰ号第二次大规模水下考古发掘项目启动，至11月共出水文物9500余件，其中瓷器以福建漳州窑青花为大宗。 2012年5月24日，南澳Ⅰ号第三次大规模水下考古发掘的各项准备工作基本就绪。6月4日开始打捞，9月20日结束，古沉船将暂时原址保存。
6. 水下沉船文物打捞
历经7年水下考古调查勘探，一艘沉睡已久的清代古船终于与世人重新见面。记者从国家文物局获悉，11月21日凌晨0时40分，长江口横沙水域见证了中国水下考古新的历史性突破，22根巨型弧形梁组成的长48米、宽19米、高9米、重约8800吨的沉箱装载着古船，经过近4个多小时水下持续提升后，在打捞工程船“奋力轮”中部月池缓缓露出水面，古船桅杆清晰可见。古船时隔150多年重见天日。几天后，长江口二号古船将被“奋力轮”带入杨浦上海船厂旧址1号船坞，开启文物保护与考古发掘新阶段。
长江口二号古船是中国水下考古又一里程碑式的重大发现，是目前国内乃至世界上发现的保存最为完整、船载文物丰富的古代木质沉船之一，填补了我国清代晚期大型木帆船研究空白，是弥足珍贵的文化遗产。
7. 听说博物馆出了一艘从海底打捞出来的古沉船
分别是：
1.秘鲁海域的史前建筑物
近几十年来，人们陆陆续续在海洋大陆上发现了许多史前建筑物。这些沉没在海底的文化痕迹，都属于地球史前文明的东西。它们所表现出来的建筑技术，实在无法用我们今天的历史学来解释，因为它们太古老了。
在秘鲁海岸边的水下二百米深处，人们发现了雕刻的石柱和巨大的建筑物。1968年以来，人们不断在比米尼岛一带水下发现巨大的石头建筑群，有街道、码头、倒塌的城墙、门洞。令人吃惊的是，它们的模样与秘鲁史前遗迹斯通亨吉石柱和蒂林巨石墙十分相像。这些海底建筑结构严密，没有相当的知识水平是无法建造的。
1974年，苏联的一艘“勇士号”科学考察船，在直布罗陀海峡外侧的大西洋海底，成功地拍摄了八张海底照片。从这些照片中可以清晰地看到，除了腐烂的海草外，还有一座古代城堡的墙壁和石头台阶。它沉没的时间也是在大约一万多年以前。
2.沉入海底的地中海文明
埃及和法国考古学家2000年6月3日宣布，在埃及亚历山大港对岸的地中海海底，发现几座淹没在水底的古城。这些古城估计建于公元前6~7世纪，距今2500年的法老王时代，它们的名字曾多次出现在希腊悲剧、游记和神话中，这是首次找到实质证据证明它们的存在。
埃及文物部门称这是水底考古史上最令人振奋的发现。除了许多完整无缺的建筑物外，考古学家还在遗址中发现多尊法老像、狮身人面像以及拜占庭古币等珍贵文物。
千百年来，在古希腊的寓言、神话和史诗中都先后多次提到过地中海边上曾经有过一个极其强盛文明的城市群，即埃及的法老城。
根据古希腊史诗中的描述，法老城高度发达的文明，将同时代世界其他地方的文明远远地抛在后面，其城市规划的现代化程度甚至达到了20世纪城市建设的水平！最有意思的是，从来没有人提出这个城市群何时兴起、居住在这里的人们来自何方、他们怎样突然拥有了高度发达的文明。
当身着潜水服的考古学家们最终潜入海底的时候，他们全都被眼前的情景惊呆了：保存得完完整整的房子，富丽堂皇的庙宇，相当现代化的港口设施和描述当年市民生活的巨型雕像。
整个被时间凝固的城市！从这座深埋在海洋里的城市群可以看出，法老城的居民们是一个爱享受生活的民族，为了让自己的日子舒适与快乐，他们建造了宽敞明亮的住房；精心设计了通风口、厕所和洗澡堂；修建了雄伟宏大的露天娱乐场以及完善的城市排水系统。
3.印度海底发现九千年前古城
法新社2002年2月19日消息，在印度古茶拉底省外海康贝湾海床发现一座古城。这是一个偶然的发现，当时国立海洋技术学院的海洋学家正在检测该地区水污染的程度，却收到奇怪的讯号，于是放下两具敏感度极高的声纳装备下海探测，赫然发现一处长宽均达九公里的海床上的古城遗址。一具挖泥机自此一遗址挖起数吨淤泥，其中包含了诸如石制工具及饰品等许多人工制品，甚至还有人类的下颚骨和牙齿。
领导挖掘工作小组的凯希罗里说：“我们当然非常兴奋。”初步的检验显示，古城年代可能远溯至公元前7500年。
4.水下金字塔
谈到金字塔，人们会想到埃及，其实许多史前文明都与金字塔有很深的渊源。比如玛雅文明就曾经建造了高大的金字塔。更令研究人员惊奇的是，在海底还发现了许多金字塔，人们甚至无法将它们和任何已知的文明联系在一起。最近，法国和美国的科学家在百慕大三角地带海域西面，发现了一座巨大的金字塔，它的底边长300米，高200米，其塔尖距海面一百米。据研究，这座金字塔比埃及的金字塔还要古老。
根据2002年4月9日BBC消息，2001年，当一家加拿大探测公司在打捞沉没的西班牙大帆船时，他们在古巴附近的海底发现了看起来是人造的建造物。此后，科学家们一直试图解释这个发现。其中一家搜寻宝藏的加拿大公司认为，它可能找到一些更为戏剧性的东西：就是在海底600米深处有一座数千年历史的消失的城市。该公司负责人吉利特斯基说：“我在这个领域已经做了三十多年了，从来没有看过这么对称、这么有结构的天然建造物。从一开始我就怀疑这些建造物并不是天然的。”当这个发现在去年被宣布时，科学界感到怀疑，有关方面计划做进一步的调查，甚至制造了一个机器人抽取石头样本，并准备拍摄更多照片。
古巴著名地理学家之一埃特雷迪随后也加入了这项工程，并在最近在哈瓦那的一个国际会议上介绍了他的发现。埃特雷迪说：“你必须时时准备接受一些你料想不到的东西，接受那些不是在现有框架中的东西、或是现有知识无法告诉你的东西。这也就是这次调查的另一个挑战。我们也许会发现一些没有人曾经想到过的东西。”那些建造物和道路仿拟金字塔排列，所占据的面积是古巴西北沿岸大约20平方千米。调查人员的理论是该城市可能在6000年前因为大规模的地球动作而沉没，例如地震。
5.日本的水下金字塔
金字塔不仅在西方有，在东方的日本也有发现。自20世纪50年代以来，日本各地陆续发现了大量的金字塔遗迹和巨石建筑，年代相当久远，其中一些金字塔表面被灰层和泥土所覆盖，并长满各类植物，外观上看似一座山丘。日本人酒井胜军还发现在远古时代，日本人与犹太人有某种关系。
不仅如此，近年来日本在其近海海底发现了许多远古人类文明遗迹。1996年3月以来，潜水员在冲绳附近直至与那国岛的海域发现了八处分散的遗址。第一处遗址是一个有趣的方形结构，并不很清晰且被珊瑚覆盖，以致于其人造部份无法确认。之后，一位潜水运动员在1996年夏天意外地在欧可纳哇南部海面以下40英尺发现了一个巨大的带棱角的平台，无可质疑地为人工产物。经过进一步搜寻，不同的潜水小组又发现了另一个纪念碑及更多人工建筑。他们看到了又长又宽的街道，高大宏伟的楼梯和拱门，切割完美的巨石；所有这些被以前所未见的直线型建筑风格和谐地统一在一起。
在随后的数月中，日本的考古学界参与了这一激动人心的发掘工作。不久，在冲绳以南300英里的水下100英尺，他们发现了一个庞大的金字塔形结构，坐落于一个看似用于举行仪式的宽阔地带，两侧有巨大的塔门。这一庞然大物长240英尺，宽600英尺，高90英尺，其历史可追溯到至少公元前8000年。
由于一般可见度为水下100英尺，这一遗迹清晰，足以进行摄影和摄像记录。这些图像出现在日本报纸的头条新闻中超过一年之久，考古学家认为，可能是一个尚不为人知的石器时代文明的初步证据。
冲绳岛琉球大学的地质学家Masaki Kimura教授，率先对此进行了研究，并推断这个有着五层结构的建筑物是人造的。他说：“此建筑并非自然产物。否则应有经腐蚀而成的碎片聚集其上，但没有找到这样的石块碎片”。他并补充道：“这个建筑物周围有像道路一样的东西，这更说明它是人造的”。
波士顿大学的地质学教授罗伯特肖赫(Robert Schoch)潜水考察了该建筑。他说：“它看上去像是一系列巨大的台阶，每个约一米高。它的断面本质上类似于阶梯式金字塔。这是个很有趣的结构。水的自然腐蚀加上石块的破裂过程有可能产生此结构，但我还没发现什么过程能产生如此锋利的阶梯断面。”能证明该建筑为人造的进一步证据是在附近发现的一些小的石堆。类似于主建筑，这些袖珍金字塔由拼成阶梯状的石板构成，宽十米，高二米。
Kimura教授认为要想知道是谁建造了这个纪念碑或其目的还为时过早。他说：“这个建筑可能是一个远古宗教的神殿，用来赞美某个远古的神，就像冲绳岛的居民相信Nirai-Kanai神会从海上给他们带来幸福一样。由于据记载在一万年前没有人类能建造这样的纪念碑，所以这可能是一个不为人知的人类文明的证据。”
“只有具有高度科技水平的人类才能完成此工程，而且很可能来自孕育了最古老人类文明的亚洲大陆。如此巨大的建筑必需运用某种机械才能完成。”通常认为，日本地区的人类活动始于约公元前9000年的新石器时代。那时的人们以打猎和采集食物为生。不可能有先进的技术建造这个大金字塔式建筑。或许，在已知的日本文明之前，在日本这一地区，还曾经有发达的人类文明，却与现代的日本人可能没有任何关系--当然，在目前我们只能猜想。或许有一天人类打开了时间隧道，就能够窥探当年文明的真相了。
8. 2007年中国水下考古工作者在南海打捞出一艘宋代商船
“南海一号”是南宋初期一艘在海上丝绸之路向外运送瓷器时失事沉没的木质古沉船。
沉没地点位于中国广东省阳江市南海海域，1987年在阳江海域发现，是国内发现的第一个沉船遗址，距今800多年，但因技术及资金问题而延迟研究。
“南海一号”是迄今为止世界上发现的海上沉船中年代最早、船体最大、保存最完整的远洋贸易商船，它将为复原海上丝绸之路的历史、陶瓷史提供极为难得的实物资料，甚至可以获得文献和陆上考古无法提供的信息。
此后试探发现，船上载有文物6万至8万件，且有不少是价值连城的国宝级文物。2007年12月22日，“南海一号”整体出水。2011年4月底，古沉船“南海一号”完成第二次试发掘，为其整体发掘奠定了基础。
2013年11月28日，“南海一号”的全面发掘工作启动。 2015年1月28日，经过7年的保护发掘，南宋古沉船“南海一号”表面的淤泥海沙贝壳等凝结物被逐层清理，船舱内超过6万件层层叠叠、密密麻麻的南宋瓷器得以重见天光，展现在世人面前。
另外，关于南海一号的传言，有可能是大臣张世杰所辖船队，在此处遭遇台风天气，埋葬于此。现存位置：广东海上丝绸之路博物馆