港口污染可分为水污染、大气污染和噪声污染。
水污染 港口水污染主要有如下表现和危害：①石油是港口水域的主要污染物。港口石油污染主要是由于油船在装卸过程中的溢漏，船舶碰撞、搁浅等造成的。石油漂浮水面，使溶解于水的氧减少，另一方面要分解水中的石油又要消耗大量的溶解氧(每分解1升油约要消耗40万升水中溶解氧),因而影响水生生物的生长。水中含石油0.1毫克/升时可使鱼、虾、紫菜等有石油味。许多水生生物能在机体中富集石油，富集到一定量就不能食用。海鸟的羽毛或海兽的皮毛如粘附上石油，会失去活动能力，甚至死亡。石油污染对兼作饮水源的内河港口危害尤大,石油中所含的苯并(a)芘是强烈的致癌物质。②装运有毒化学品船舶的洗舱水，能直接杀死水生生物和使人中毒。③船舶排出的生活污水，如厕所冲水等排入港口，能传染许多疾病。④船舶排出的生活垃圾含有有机质和病菌；清仓垃圾有的含有毒物质，如杀虫剂等。⑤装卸过程中漏撒的粉尘能降低水的透明度，有毒粉尘还能直接杀死水生生物。
大气污染 港口的大气污染主要是粉尘、废气造成的。粉尘是在货物装卸和堆放时产生的，危害操作人员和附近居民。黄砂、煤、矿砂等粉尘可使人患矽肺病；农药、化肥等粉尘可使人中毒；空气中粮、棉粉尘达到一定浓度，遇火能爆炸。港内船舶和港区炉窑排放的废气,含有一氧化碳(CO)、二氧化硫(SO□)、氮氧化物(NO□)和碳氢化合物。尤其是装卸石油时大量碳氢化合物挥发进入大气，会损害人类健康。如引起疲乏无力、头晕头痛、恶心呕吐、心慌气喘、血象变化等。在阳光下，碳氢化合物能与氮氧化物结合产生光化学烟雾，刺激眼睛和上呼吸道粘膜。一氧化碳能置换血液中的氧造成低氧血症；二氧化硫能形成硫酸雾，损害人的呼吸系统；氮氧化物能侵入人体肺部，引起支气管炎或肺气肿。
噪声污染 船舶、港口机械、运输车辆，特别是吸粮机装卸作业时产生很大噪声，损害听觉，使人难以忍受。
污染防治 根本方法是在港口规划和设计时对港口的选址、布局，设备的选用等和环境保护作统一的考虑。此外，还要采取以下措施。
制定港口防治污染法规 法规要规定出船舶污水、污物的排放标准，工作场所的粉尘含量标准，噪声标准，还应规定防止污染的措施和超过标准排放的处理办法。