截止2019年1月，深圳市有蛇口、赤湾、妈湾、盐田、大铲湾、沙鱼涌、下洞、东角头、福永和内河10个港区。
1、蛇口港区，位于深圳湾北部南头半岛的五湾至左炮台山之间，由招商局蛇口工业区开发建设，是深圳市最早开发建设的港区。
2、盐田港区，位于深圳东部大鹏湾北岸，西起沙头角保税区、东至正角嘴。港区功能涵盖货物装卸和运输、港口配套交通设施建设与经营、港口配套仓储及工业设施建设与经营、港口配套生活服务设施的建设与经营、
3、赤湾港区，位于南头半岛端部左右炮台间的赤湾内，依托自然港湾逐步形成目前环抱式港池格局。
4、妈湾港区，位于南头半岛西侧，南临赤湾港区，北至大铲湾口南侧。
5、内河港区，包括深圳河的上步码头、新洲河码头以及宝安区的西乡、松岗、沙井等码头，用于装卸深圳市沙、砖、水泥等建筑材料等物资。
参考资料来源：深圳市交通运输局-深圳港港口分布概况
至2012年底，深圳港相继建成了蛇口、赤湾、妈湾、盐田、大铲湾、沙鱼涌、下洞、东角头、福永和内河10个港区。
1、蛇口港
蛇口港可同时靠泊10艘万吨级以上船舶，最大靠泊10万吨级散货船，锚地可靠泊12.5万吨级散货船，是华南地区重要的粮食、建材集散中心和内贸集装箱中转口岸，并拥有深圳地区最大的客运码头。
2、赤湾港
赤湾港三面环山，呈U型港湾，紧临水深航道，多式联运俱全，是一个内河船舶和远洋水深巨轮均能靠泊的河口良港。
3、妈湾港
码头泊位11个，其中万吨级以上深水泊位6个，最大靠泊能力5万吨级，货物综合吞吐能力1149万吨，码头岸线长2543米。深圳港妈湾港区一号泊位2000年2月顺利通过验收。该泊位建设规模为3.5万吨级，高桩梁板结构，码头岸线长174米，前方承台宽18.9米。
4、盐田港
自开港以来，盐田港集装箱吞吐量持续增长，已发展成为全国集装箱吞吐量最大的单一港区，也是目前中国大陆远洋集装箱班轮密度最高的单个集装箱码头。
5、大铲湾
大铲湾码头（一期）位于深圳西部的宝安区，水路南距香港20海里，北至广州40海里；陆路北距深圳宝安国际机场10公里。码头周围四通八达的陆路交通网络连接东莞、惠州、深圳以及广州等珠三角东部城市。水路也可畅通无阻往返于佛山、顺德、中山等珠三角西部地区。
6、沙鱼涌港区
位于大鹏湾龙岗区境内，已建成经营性泊位6个，最大靠泊能力5000吨级，主要经营杂货。码头岸线总长704.0米。广东大鹏液化天然气码头位于大鹏半岛秤头角，栈桥长420米，可靠泊10万吨级液化天然气船，年设计吞吐能力370万吨。
7、下洞港区
该港区是深圳市东部地区集中建设的尤其专用港区和库区，3个栈桥式码头共有泊位10个，其中万吨级以上泊位3个。
8、东角头水运口岸
区内建有中、小型泊位6个(其中石油品泊位2个)，堆场占地面积2万平方米。1987年1月，经国家批准为对外开放口岸。码头设计能力为50万吨。
9、福永码头
福永码头主要经营：装卸搬运、货物仓储、联运服务，船舶外轮供应，五金、百货、针织品、建材的销售、集装箱上门维修、物业管理、房屋租赁、从事广告业务。
10、内河码头
内河码头是深圳特区地方建材的主要装卸码头。码头海岸线长308米，共有11个泊位，最大靠泊能力为500吨。
参考资料来源：深圳市交通运输委员会网-深圳有多少个港口？