涡河横贯毫州市全境，是联接黄、淮两大河流的纽带，在境内长度76公里。水势平缓，木帆船可常年通航，是天然优良航道，亳州历史上的繁荣，多赖其便。在境南部有淝河水道，每年春夏季节通行木帆船。但由于黄河多次泛滥，黄河泥沙大量流入涡河，河床渐次增高，航槽也逐渐狭窄。民国27年，河南省郑州花园口黄河大堤被炸开后，黄水多次南泛，大量泥沙淤积下沉，涡河河槽形成多处浅滩。加之河上桥梁屡建屡废，河底遗有大量块石和暗桩，故每至枯水季节，船只即不能正常航行。至民国37年，亳县解放时，境内76公里航道中，共有浅桩8处，前棚源沉石7处，浮桥22座，通航颇为艰难。
涡河为历代漕运之要道，也是中原地区航运最繁忙的水道之一。明清时期，在涡河之上，毫州市配有专门的灌运船只。清康熙十八年（1679），共有和指僧运丁船46只。嘉庆十二年（1807），又裁去10只丁船，剩余36只丁船主要往返于寿州（今寿县）、凤台、怀远、定远、六安、霍山、英山、颍州、颍上、霍邱、太和、蒙城等州县。漕粮分兑于怀远、临淮关、寿州、正阳关4处。清末民初，南北货物在此聚散。在西起韩营，东至车埠口的5公里河段上，常年停靠着5000多艘船只等待进港装卸。其中多是几个吨位的木船，只有少数三蓬三桅20吨位大船和对连划子，运出的货物大部分是农副产品和棉花、药材等，运进货物主要是京广杂货、竹、木、茶、麻、煤油、食盐、山窑等。民国27年，亳县沦陷后，日军封锁了涡河航道，河上船只一部分被烧毁，一部分被押往蚌埠，涡河水运中断。
涡河 建国后6次疏浚，8次清航，正常水位可通300吨级，汛期500吨级货船。航道技术标准6级，营运标准2级，境内长52公里，是蒙城境内主要水上运输航道。
怀远县，涡慧态河：西从龙亢区炮台沟入境，至县城东北入淮，境内长55公里。近百年来，因黄河多次泛滥改道，至使河道淤塞严重。建国后，经清障、疏浚、裁弯、取直，正常水深已达5～8米，上游可达蒙城、涡阳，常年通航百吨级船舶。 符怀新河：1958年开挖，自涡河老河湾起，向北于固镇县境内入浍河。县境段长20.4公里，河宽50米，水深5～10米，季节通航。 怀远港位于县城涡淮三角地带，东距蚌埠市14公里。客运码头原在外河口（涡河入淮处），1959年迁至水门口，新建码头岸壁70米，配24米混凝土趸船一艘，铁质跳板一块。1974年建旅客候船室，面积240平方米，备有木条椅，可供近600名旅客休息。
龙亢港，位于县城西46公里的涡河北岸，属自然坡岸码头，可停靠100吨级船只，抗日战争时期，为皖北盐、粮、百货中转集散地。1985年吞吐量约5万吨。
上桥闸跨茨淮新河，距县城10公里，船闸两侧设立式码头，可停靠200～300吨级驳船，年吞吐量约7万吨。 涡河交通渡——文昌阁渡口。此渡口右岸在小街、左岸在县城文昌阁，是沟通城乡的主要渡口。始用于宋宝祐五年（1257年），初为私营渡口。民国年间由保公所经营，有木船多只。抗日战争期间，由日伪水上稽查队管理。抗战结束后，由城关区建国镇经营。建国后，由城关区引凤乡接管。1959年蚌埠淮河大桥通车后，蚌阜公路客货车辆由此渡运，增加渡运设备，改为轮渡，由县交通局直接管理。日渡客货汽车与大中型拖拉机300余辆，年客运量200万人次。1964年涡河大桥建成通车，轮渡停运，改为农渡，管理权转交城关镇引风办事处。此渡口现有钢驳3艘、木船9只，日客运量仍近万人次。
涡河农渡——龙亢渡口。此渡口位于龙亢镇口，清末时有浮桥两座，后被水毁。民国初年改用船渡。抗日、解放战争时期，龙亢镇为豫皖苏区主要抗日根据地，龙亢渡口位处国统区、解放区、沦陷区交界处，川、陕、鄂、豫等省商贩为牟取厚利，多冒险到此交易，时龙亢镇有“小上海”之称，日客流量在万人以上，抗战胜利后冷落。建国后，随水陆交通运输量的增加，龙亢渡于1981年由县拨款4.2万元，地方筹款3千元，购置小火轮1艘，建筑新码头1座。此渡口现有水泥驳船一艘、机动钢驳一艘、木船12只。日渡机动车辆50余辆，日客运量近5000人次。