6.1正常运行操作
如下：
（1）用钥匙打开电气控制箱门，合上总电源开关QF0，检查供电是否正常。
（2）合上柱塞泵电源开关Q4，此时柱塞泵应该不会运转。
（3）合上控制电源380V开关Q5；电加热器电源开关Q8。关上电气控制箱门。
（4）将油份浓度计上的开关合上。
（5）在门面板上开《控制电源》220V开关Q6，控制电源指示灯H0应该亮。
（6）旋开《油分浓度计开关》Q7，“油分浓度计”上相应指示灯应该亮。按油分浓度计操作手册调整。
（7）将《手、自动排油、反冲、注水》转换开关Q3，转向“手动”，此时，《Vs1、Vs2阀打开》的指示灯H4，应该亮，表示在注水。从一级分离器各试水旋塞中可以看到有水流出，从下至上逐渐依次关紧，直至最高处，说明已充满水了。
（8）将《手、自动排油、反冲、注水》转换开关Q3，转向“自动”，停止注水。正常运转后，如果一级分离器顶部的油积聚到一定厚度，控制系统会自动排油，排油完毕又会自动返回正常运行。
（9）将《三级处理》转换开关Q10，转向“自动”。
（10）用手揿《柱塞泵启动》按钮QA，柱塞泵会运转，注意转向。观察“真空、压力表”，由零走向－0.01MPa，并在－0.01MPa到－0.05MPa之间，属正常。
（11）如果油分浓度计故障，可以强制将《三级处理》转换开关Q10转向“手动开”，让水通过VS5强制进入三级。查看VS4是否关；VS5是否开。查看方法是看气动阀顶部开度指针相对位置。观察一、二级各“压力表”，如果都有压力，说明三级在运作。V3全开，调节V6开度，使读数维持额定产水量，即0.25m/h。
（12）将电接点温度调接在35℃和40℃之间，电加热器会自动开闭，调节进水温度在上述范围内。膜的工作温度不能超过50℃。至此，装置正常运行。
6.2非正常情况可能有：
（1）舱底水吸入管路或吸入滤器堵塞，一级分离器内真空度可能会超过－0.05MPa时，柱塞泵会自动保护停止工作，值班人员应检查采取措施，排除堵塞问题。舱底水被吸完，空气会进入一级分离器，分离器内真空度会破坏，小于-0.01MPa时，柱塞泵也会自动保护停止工作,值班人员应检查舱底水水位。如果船上利用了本装置的舱底水探头JYB3，那么这种问题的发生可能性就比较小,装置会依据舱底水的液位自动启停。如油份浓度计长期报警，说明需要清理装置。首先采取对一级分离器进行手动反冲处理，看是否是一级分离器分离效率降低？其次观察二、三级压力表，差压是否过大，如是，则需要更换相应的滤芯。此时须由人工来放水，打开盖子，更换新的滤芯，盖紧盖子，再加水。二级滤器堵塞的可能性最大，应经常更换。一级分离器的排泥，一级分离器顶部的油经常会自动排出，底部的污泥需要定期人工排除。污泥会影响后续滤器的堵塞。排泥方法是将《手、自动排油、反冲、注水》转换开关转向“手动”，同时打开一级分离器底部排放阀V2，通过清水将泥沙冲出。
6.3装置停机：
本装置一旦正常运行启动后能根据舱底水的多少，自动抽吸舱底水进行运转或停止，毋须人员操作。如果船舶长期停航，机舱值班人员确认装置不需要运转时，可采取停机措施。先按柱塞泵《停止》按钮，泵停止工作，柱塞泵工作指示灯H3灭。然后断开控制电源Q6，K2, K20,K5,K6全部失电，相应的气动阀Vs1,Vs2,Vs3,Vs4,Vs5,Vs6,Vs7自动复位。
注意：本装置采用气动阀通过气电转换电磁阀控制，压缩空气由船上供应，0.25～0.40MPa，首先进入气源滤器，上面安装有电接点压力表，如压缩空气失压，为保护柱塞泵不致脱水干转，电控箱有Y101触点断开，装置起动不了。停机时可关闭压缩空气进口阀。
警告：本装置柱塞泵的电机为转动部件，工作人员在接近转动部件时均须注意安全，防止衣、裤等物卷入，造成伤害。