首先要纠正一样，没有所谓的最佳改造方法，只有最适合你给予的任务的最适合的改造方法。因为，DK4PK不管是哪一种大型船，追加两个船舱以后，都是13个船舱，不含担当舱室。这意味着，你只可以在0-4个水兵室，0-4个炮舱，0-5个货舱，0-13个物资舱里做出选择。战列舰标准配置是2个水兵室，3个炮舱，2个货舱，4个物资舱。一般来说，不会故意去拆除炮舱，因为这样会浪费钱，所以，你只能改造最多10个舱室来符合你的任务。楼主能造出只能航行10天的船，也不容易。只能说明你同时做到了两点：1、水兵室太多了，2、水兵也太多了。而且在这样的情况下，居然还有货舱。
一支舰队，一般来说，可能会遂行的有这么几种任务：一、探索、远航；二、交易；三、作战。针对这几种任务，就要求舰船具备不同的能力：一、续航力；二、载货量；三、炮战能力；四、肉搏战能力；五、速度。为达成这些能力，舱室的配置肯定是不能等同的，所以，必须要做出一个取舍，不可能兼顾。但是，在保证完成主要任务的同时，在可能的条件下，尽量照顾其他的任务，这无疑是最好的。
如果都可以配置一支五战列舰的船队了，我以为，基本上不用为钱犯愁了，因此，这支舰队主要的任务应当是作战，同时兼顾远航的能力，因为，很可能你控制的海域已经足够大了，必须能快速地赶到遥远的战场。所以，对这支舰队的要求应该是，一、炮战能力；二、肉搏战能力；三、速度；四、续航力。同时，在不用做大量调整的情况下，可以迅速拥有强大的载货量。
鉴于以上的分析，建议可以做这样的部署：首舰，也就是旗舰，双水兵舱，三炮舱，8物资舱；其余四舰，四炮舱，9物资舱。载员800人左右，主要的任务是作战，必要的时候也可以改造成每舰五货舱，3或4物资舱，比如抢一个流行等。另外，担当室可以配一个饲养室，配一个饲养员，在出港时水粮60：40补给。这样满载，可以供给25天，实际可以支持约35天。这个续航力，在海员200级水平的时候，足够从大阪自动航行到地中海。