1996年1月，丹麦马士基海运公司新出厂的“马士基女王”投入运营，它是6 000标准箱的超巴拿马集装箱船，这艘船可以说开创了集装箱运输的新纪元。
1996年全世界有21艘超巴拿马集装箱船（总共114 567标准箱）交付使用。
超巴拿马集装箱是什么意思？要先从巴拿马运河通过船说起。巴拿马共和国位于中美洲。于本世纪初开凿了了条人工运河，为了沟通太平洋和大西洋航道，缩短航程，运河是选取在巴拿马还是在尼加拉瓜？当时代表马拿马的一位法国工程师到美国游说，借着尼加拉瓜的火山一旦爆发，美国的投资将全部泡汤。于是美国参议院一致同意在巴拿马修运河。船通过运河需经三级船闸，逐级提高水位，通过加通湖，再经三级船闸下降到海平面。把能通过巴拿马运河最大的船型称为巴拿马最大型（巴拿马型），油轮和散装箱为70 000吨，集装箱为4 000标准箱（船宽为32.32米，长度通常为280－290米）。现在的集装箱船发展越来越在，但最开始时是不有这么大的。
集装箱是按标准规格，用金属等材料制成，用来装运货物的大柜子。用集装箱运输，可加快装卸、减少包装和运输费用，减少运输中的损耗，保证货运质量。运输集装箱的货船，由许多格栅将船舱为成格，舱面有固定集装箱的专用设备。集装箱船上有冷冻设备、保温设备等以便运送各类物品；还有为保证运输安全的安全设备和系统。
1956年美国“海陆公司”首次把陆地集装箱运输推广到海上，将大型油轮“马科斯顿”号改成集装箱船，在纽约一休斯敦航线上进行订装箱海运。此后，集装箱船迅速发展。1988年美国总统轮船公司第一批超马拿马集装箱船5艘交因为用8 000箱集装箱比用2个4 000箱集装箱船节省燃料及船员费用，总成本降低10％。1996年初，国外已有一艘能装6 000标准箱的集装箱船。这是当时最大的集装箱船，是全世界用户订购的12艘大型集装箱船中的第一艘。这艘船上有700个冷藏集装箱的位置，冷藏能力是4.6万立方米，这也是世界上最大的冷藏运输船。这样大的运输船必须实现自动化管理，由电脑管理货物，保证化物安全。这艘船上共装有2 800个传感器，测量货物的情况，以实现管理自动化。
集装箱船载重量这么大，所以要改进装箱办法。有的集装箱无舱口。90年代初澳大利亚人构思、我国船舶及海洋工程设计研究院设计了这种船。不久，日本一家船厂就制造出第一艘无舱口的集装箱船。现在这种无舱口集装箱船已有能装3 000箱的船了。还有一种.开放式集装箱船也没有舱口，没有甲板，船舷比一般的集装箱船的船舷要高一些，船上有固定集装箱的支架，这些支架不用相互加以固定，集装箱是从上面放进支架的。这种船的优点是可以提高装卸速度。
未来的集装箱船发展方向是更多地发展超大型集装箱船。其优点除省燃料，成本低外，还可增加船的稳定性，增加平均箱重。未来的集装箱船可发展到载8 000至10 000箱。2000年，估计全世界集装箱总箱数可达1 353万标准箱，是如实现无人机舱、自动导航，实现全天候安全航行，以及由电脑管理货物等等。