-序章
在初代薛帕德拯救了神堡之后，人类控制了理事会权利，开始安定民心，对外宣称收割者并不存在，威胁已经全部解除，为了消灭残余的桀斯，理事会派薛帕德一行在银河系各处巡逻围剿残余分子。在一次隐身巡逻中，诺曼底号刚脱离FTL飞行，就被早已埋伏好的未知巨型飞船逮了个正着，未知飞船几炮就把诺曼底击落，所幸大部分船员都得以逃脱，而薛帕德为了救Joker不幸丧命。
时间一过，自从理事会宣布薛帕德 KIA（战斗中丧生）已经两年了，在这期间赛博鲁斯和莉亚拉“合作”不但找到了薛帕德残存的尸体，还打算复活他。
之所以塞伯鲁斯选择花如巨额的代价（两年40亿星币，这还不包括飞船的建造费用）也要救回薛帕德的原因是，他们发现（或一直坚信）收割者的威胁并没有消除，反而正在壮大，薛帕德初代的行为只不过是暂缓了银河系文明覆灭的进程，然而导致的结果是吸引到了收割者主力的关注。
在这两年间，收割者的行动虽说没有明显的动作，但赛博鲁斯相信他们正在密谋着什么。而除此之外，另一股危险降临到了人类头上，所有位于银河系外缘的殖民地都遭到了未知种族的掠夺，殖民地所有人类消失的无影无踪。而薛帕德是民族英雄，赛博鲁斯是臭名昭著的极端恐怖组织，赛博鲁斯需要薛帕德来想外界传达这一毁灭性的危机，并引领人类甚至是全银河系走出困境，对抗收割者。
第一章
薛帕德复活了，当然了，收割者在两年中四处安插了眼线，所以作为复活薛帕德项目的主管米兰达，加快了复活进程，原定的全有机体复原计划，一个器官一个器官的培养现在因为时间紧迫，只能改为有机体和机械混合的方式进行，这就是为什么薛帕德脸上会有散发着橘黄色亮光的疤痕，这是因为复活薛帕德的时候时间很紧迫，基地在遭到攻击，敌人发现了薛帕德的存在，米兰达等不及让薛帕德完全复原就进行了苏醒程序。醒过来的薛帕德还没弄明白怎么回事就被耳机里的米兰达吼着端起武器战斗，一路上遇见了安全主管Jacob一行人逃出了被袭击的空间站。
路上米兰达为了确认薛帕德的脑部活动问了薛帕德几个初代的关键背景。之后来到了赛博鲁斯的一座巨型空间站，在那里通过全息影像通信器，薛帕德联系到了幻影人，赛博鲁斯的首领，一顿慰问之后，幻影人告诉薛帕德人类正在遭受到得危机，收割者依然逍遥法外，让薛帕德协助赛博鲁斯一起对抗这一切，在摆事实，摆情理，切断了薛帕德所有期望（理事会，星联，前队友）后，无奈现在无依无靠的薛帕德只能宣布协助他调查这一切。幻影人很满意地让薛帕德去调查一处刚被袭击了的殖民地，结束通话薛帕德和米兰达还有Jacob前往调查。
来到殖民地，发现这里已经人去楼空，让人不安的就是这里的人仿佛就是凭空消失的，有些桌子上甚至还有未喝完的茶。调查途中薛帕德发现了前队员塔利，现在她已经是她那边的受人敬仰的将军了，她很吃惊地看到薛帕德，随后瞄到薛帕德身后的赛博鲁斯成员，脸色立马晴转阴，一顿解释，她正好也要在这里找人，于是两边一起行动，在殖民地深处的一栋建筑里发现了塔利要找的人，做在无数显示屏前神经已然时常，一番威逼，他说一只神秘外星人队伍带走了所有人类，这帮外星人通过释放一种机械类昆虫来捕捉目标，只要被这种东西叮上，人体就会麻痹无法动弹。通过米兰达得知这帮外星人叫做收集者，是一伙喜好抓捕变异物种的家伙，一般很低调，抓的也不多。这次为何如此大规模的行动原因未知。
调查完毕，回去和幻影人复命，发现幻影人早就知道了收集者，他告诉薛帕德，收集者在为收割者工作，至于为什么对人类如此关注，或许是因为薛帕德在初代的表现过于优异引起了他们的兴趣。幻影人告诉薛帕德这帮家伙的老家在非常遥远的天边，要去那里只能通过欧米茄4号中继器才能到达，但是古往今来，进去过的人就没有再出来过的。所以想要解决掉他们将会非常危险，甚至就是去送死。幻影人让薛帕德去组建一支精英队伍来准备这项使命，他给了薛帕德一份名单，上面是挑选出来的银河精英，他要薛帕德招募这些人，组建一支强大的队伍，所有成员必须万众一心，才能完成任务然后安然返回，与此同时，他会去研究如何安全地通过欧米茄4号中继器。最后，幻影人为了让薛帕德为他死心塌地干活，不但给薛帕德找来了初代天才驾驶员Joker和老医生，还附带送给薛帕德一加全新的加长豪华版诺曼底二号。至此，薛帕德的旅程正式开始。
第二章
在薛帕德招募队友的过程中，幻影人会告诉薛帕德有一个殖民地正在遭受攻击，而薛帕德的前队友阿什利/凯登（存活的）在那里执行任务，听到自己前队友即将遭到不法之徒的侵害，薛帕德义不容辞地推掉所有事务，让Joker掉转船头飞速赶往殖民地，当飞船赶到时，发现已经晚了一步，收集者早已卷走绝大部分居民，而薛帕德抱着一线希望，靠着莫丁新研制的驱蚊护甲，直接冲了进去，第一次于这种敌人交锋的薛帕德一路前行，来到一间锁着的仓库，烧掉保险丝，薛帕德发现里面竟然有个幸存者，他告诉薛帕德，收集者从天而降，麻痹了所有人，然后收集者就下来把抓到的人带走，他告诉薛帕德这里不久前刚造了一座大型炮塔，不过由于导航系统还没装好，所以来不及使用，而这座炮塔就是阿什利/凯登负责送往殖民地作为防御的。薛帕德立马接通船上的人工智能系统EDI，问它能否远程将炮塔接通使用，EDI告诉薛帕德需要时间调试，于是薛帕德一伙人在炮塔周围展开了防御战。
最终一番苦战之后，EDI修复了殖民地的炮台，愤怒的火炮像远处的收集者飞船喷射而去，挨了揍的飞船识趣地点火飞走，连带的掠走了他们抓住的人类，不过好在阿什利/凯登活了下来，她很欣喜地看到薛帕德还健在，激动无比，然而，在她看到薛帕德身后赛博鲁斯标志之后，和塔利反应一样，甚至更剧烈，直接质问薛帕德到底和这场侵略有什么关联，薛帕德费了很大口水才弄明白原来星联认为这一系列的劫持事件都是赛博鲁斯在背后搞的鬼，薛帕德有是一番口水解释清楚，她平静下来，开始重新关注薛帕德，薛帕德心情万分，想重燃旧情，骗她上船，哪知她态度强硬，坚决不予赛博鲁斯为伍，弄得薛帕德好不尴尬，道不同不相为谋的薛帕德只好悻悻于她道别。继续回到飞船四处寻找新的下手对象。
第三章
在继续招募了几个队友之后，幻影人告诉薛帕德在银河某处突锐攻下了一艘收集者的飞船，希望薛帕德抢在他们的调查队伍到达前，先行一步搜寻能够帮助薛帕德穿越欧米茄4号中继器的线索。
一伙人开着飞船浩浩荡荡来到了飞船抛锚之地，发现上面所有系统统统离线，整艘船安静的令人胆寒。薛帕德潜入了进去，收集者飞船内部四通八达，EDI告诉薛帕德经过对比，这艘飞船真是两年前击沉诺曼底号的那艘，薛帕德在里面发现了许多像茧一样的容器，就是他们用来运送奴隶的工具，以及一些尸体，走到一处控制台前，薛帕德发现一具收集者的尸体躺在一堆仪器周围，薛帕德连通EDI开始调查。EDI搜寻其中的资料后告诉薛帕德收集者正在研究人类，原因不明，但是另个调查结果让薛帕德大为震惊的是，EDI对比了收集者和银河系所有已知的DNA结构后，告诉薛帕德他们就是全银河系文明的偶像，超级文明的代表――早已被收割者赶尽杀绝了的普洛仙。
EDI告诉薛帕德虽然被收割者进行了改造，但他们的的确确是已经灭绝的普洛仙，薛帕德只好接受这一事实，继续前行，准备去飞船主控室搜寻有用资料，途中来到开阔地，薛帕德发现一处宽广的大厅，大厅的墙壁上堆满了密密麻麻的虫茧，薛帕德意识到这里是收集者的储存室，所有抓来的人都被他们存放在这里，而这一间屋里里起码有成千上万的茧，而且都因为飞船动力的失效而被切断的生命维护系统，上万生命瞬间蒸发。
来到主控制台，将资料上传给EDI，发现EDI被入侵，这一切的一切竟然是个陷阱，几秒钟前还寂静的跟墓地一样的控制室，一瞬间，大量收集者驾着浮游平台向薛帕德飞来。在EDI对抗入侵的同时，薛帕德只好抵御一波接一波的敌人。又是一番苦战，EDI重新控制了收集者的飞船，给薛帕德清理出一条退路，众人边打边退，总算有惊无险的在那破铁管所有系统恢复开炮前逃离了现场。
回到船上，紧张的心还没平稳下来，EDI就告诉薛帕德根据她的解析，她认为幻影人很有可能早就知道这是一个陷阱，但仍然让薛帕德往里面跳，感觉被欺骗了的薛帕德二话不说直接冲进了飞船联络室和幻影人对峙，谁知幻影人完全不加掩饰，证实了EDI的猜测，薛帕德火冒三丈的准备问候他祖宗三代，幻影人在一次讲事实，讲清理地告诉薛帕德如果不这么做，就证实不了收集者和收割者之间的联系，也获取不到相关的资料，而且他相信薛帕德能够全身而退。古人都说秀才遇到兵有理说不清，但是在幻影人面前，天远地远，薛帕德也无法拿他怎么办，只好接受了他的说法.幻影人还告诉薛帕德EDI证实了收集者船只装有IFF，这就说明欧米茄4号中继器是具有敌我识别功能的，而IFF就是一个安全通关凭证。所以行动的下一步计划就是取得一块IFF，这时幻影人有满脸坏笑地告诉薛帕德他们的科研队伍发现了一艘失效了的收割者（本身就是一艘有着自我意识的船），而科研小队却在登上收割者之后失去了联系，至今不明。因此幻影人需要薛帕德去搜寻船上的IFF模块。
同时，EDI告诉薛帕德通过解析从收集者船上搜集的资料，它锁定了收割者的老家――银河核心。敢呆在那种地方，足以证明他们的科技已经远远凌驾于现有银河文明之上，在那样充满黑洞和剧烈能量的地方生存，难怪进入欧米茄4号中继器 的飞船从没有返回的。EDI猜测收割者一定是在核心附近发现某处较为稳定的区域，并建立欧米茄4号中继器作为关口，一般飞船如果没有IFF就不能准确地被传送到这块区域从而纷纷散架。这就进一步证明了，获取他们的IFF模块至关重要。 现在一切的关键都在那艘失效了的收割者上了。
第四章
诺曼底停靠在正在研究收割者的塞伯鲁斯科研飞船后，薛帕德进入调查，发现已经空无一人，EDI告诉薛帕德，收割者船的所有系统已经离线，但是质量效应核心还在运作，保证这艘船不会瓦解。继续深入，从科研船进入收割者后，薛帕德会在一台电脑中发现整个科研队都受到了收割者意念波的影响，开始产生幻觉。但是他们人都去了哪？
偌大的飞船又是空空荡荡，结合上一次经验，薛帕德提高了警惕，步步为营，就在这时，整艘船突然发生剧烈震动，Joker告诉薛帕德看起来这艘收割者还没完全死绝，它开启了动能屏障，阻断了自体于科研船的连接，把薛帕德一行人全都困在了里面。就知道事情没那么顺利。EDI告诉薛帕德要解除屏障，就必须要关掉核心，而且，一旦核心被关闭，必须迅速撤离，否则就和这艘船一起再一次命陨太空。
薛帕德不得不加快步伐，继续深入，然而四周突然涌现的尸傀似乎都被刚才的震动给惊醒了似的，潮水般的从船体四周向薛帕德涌来，薛帕德突然醒悟到，原来整支科研队都变成了这种东西，没有办法，端出火箭筒的薛帕德再说了一句“安息吧，阿门”之后，一炮将这些尸傀送上西天。然而不断从薛帕德前进道路出现的各色尸傀，让薛帕德不由得惊讶这只科研队伍的“庞大”，薛帕德费力地边打边走，清出一条道路，来到一处拐点，薛帕德看见前方飞出的几具尸傀尸体。心里一惊，原来这里还有盟友。欣喜万分，跑到前方，四下探寻的薛帕德完全没有注意后方逼近的一只尸傀，只听一声枪响，尸傀应声倒地。
然而帮薛帕德击杀尸傀的是一只桀斯，说了一句：“薛帕德”然后拂袖而去。好半天才回过神的薛帕德也顾不得想那么多，继续前进，一路上都布满了尸傀，使出浑身解数，子弹焰火满天飞的薛帕德一路拼杀，拿了IFF之后直接奔向船体核心所在之处。
来带核心动能室，薛帕德发现入口被激光拦住，而里面刚才那只桀斯正在操作台前操作着。在最后关头，桀斯解开了入口的激光栅栏，并超载了质量核心后，蜷缩在地上。而薛帕德，暂时没工夫管这些，指挥队友抵御前来进攻的尸傀大军，自己对准核心就是一炮，核心瓦解，船体也随之剧烈震动，没有了质量效应场的支撑，这艘船正在滑向覆灭的边缘，薛帕德看着地上的桀斯，从人道主义出发，看在之前它救过自己一命的份上，背起这团废铁，和队友们冲回了诺曼底号，脱离了这块是非之地。
第五章
回到船上，将取回的IFF交给EDI解析，EDI会建议薛帕德先杀杀毒以防万一，几天后，Joker告诉薛帕德IFF已经装入系统中可以测试了，然而EDI则建议继续杀毒，因为它检测到一些异常，谨慎的薛帕德同意了EDI的提议，随后只好带着队员离船执行任务去了。
在薛帕德离开之后，EDI突然发现IFF正在不正常的运作，在飞船
上载病毒，并向外发送信息，发送诺曼底号的坐标！与此同时，一艘巨大的收集者飞船突然闯入诺曼底号上空。而IFF上载的病毒让飞船的防御系统全部失效。诺曼底现在彻彻底底的就是肉鸡一只。EDI告诉Joker她有办法除掉病毒，夺回飞船的控制权，但她要求Joker必须把飞船全权交给她负责，并让Joker前去飞船的人工智能核心移交管理权限。EDI告诉Joker如果他能手动解锁数据库它就能初始化程序。在一番激烈的思想斗争之后，Joker只好一瘸一拐地避开已经被收集者入侵的主通道，顺着EDI开启的紧急逃生路标从飞船侧面的滑梯下到飞船二层。
再移交了飞船的控制权后，EDI要Joker前去引擎室重新激活飞船引擎，Joker无奈地一边痛骂EDI虐待残疾人，一边赶往引擎室，路上EDI解释道只要Joker重新让引擎运作，EDI就可以打开空气阀门，通过气压差将收集者全部吸出去，介于收集者已经把其他船员统统绑走，所以这不会造成太大伤害。当Joker到达引擎室重新激活引擎之后，EDI密封住引擎室的气压保护Joker，然后打开空气阀门，脱离收集者船的控制，开启FTL引擎逃出生天，随后EDI通知了还在外面花天酒地毫不知情的薛帕德。
得到消息的飞船主力队员们火速赶回，看到空空荡荡诺曼底号，无奈的薛帕德只好接受事实，并质问EDI先前的杀毒工作都是怎么干的，EDI告诉薛帕德毒是扫出来了，可惜晚了一点，不过现在已经全部杀掉了，IFF已经完全无害可以投入运用了。好嘛，为了这么个破东西，看看这代价。不过好在IFF已经接通，薛帕德已经可以安全通过欧米茄4号了。