一、将第一条中的“根据国家有关法律、法规”改为“根据有关法律、行政法规的基本原则”。二、将第二条中的“使用”改为“经营”。三、第三条增加一款，作为第三款：“横琴新区、经济功能区管理机构履行区人民政府的职责。”四、删去第四条。五、增加一条，作为第四条：“市、区人民政府渔业主管部门负责本行政区域内渔港的管理工作，并组织实施本条例。本市渔政监督管理机构具体负责对渔港的监督管理。
“公安、生态环境、交通运输、文化广电旅游体育、市场监管、应急管理、城市管理综合执法、海事等部门以及渔港所在地镇人民政府，按照各自职责做好渔港的监督管理工作。”六、删去第八条。七、将第九条改为第八条，修改为：“市、区人民政府渔业主管部门应当根据全省渔港布局规划，会同有关部门和属地政府，编制本地区渔港建设规划，并按程序报批。”八、将第十条改为第九条，修改为：“各级人民政府应当将渔港建设的投入纳入预算，统筹安排渔港建设专项资金，并可采取国家许可的方式筹集资金。
“各级人民政府投资建设渔港形成的资产，其产权归投资的人民政府所有，并由其依法确定经营权。”九、将第十一条改为第十条，修改为：“鼓励社会力量依法投资建设、维护渔港及渔港设施；投资人按照国家有关规定及投资协议，享有权益，承担义务。”十、将第十二条改为第十一条，将“总体规划”修改为“建设规划”。十一、将第十三条改为第十二条，修改为：“任何单位和个人不得擅自改变渔港的功能。因公共利益确需改变的，应当依法办理有关手续。给相关单位和个人造成损失的，应当依法给予合理补偿。”十二、将第十六条改为第十五条，修改为：“渔港航道和航标、导航、通信预警、消防、给排水、防污等安全设施和环境保护设施应当与渔港主体工程同步规划、设计和建设。”十三、将第十七条、第二十二条、第二十三条、第二十四条、第二十六条第二款、第二十八条、第三十三条、第三十五条、第三十六条、第四十一条、第四十三条、第四十四条、第四十五条、第四十六条、第四十八条中的“渔港监督机关”修改为“渔政监督管理机构”。十四、将第十八条改为第十七条，将“渔业行政管理部门”修改为“渔业主管部门”。十五、将第十九条改为第十八条，修改为：“市、区人民政府负责所属渔港及渔港设施的综合管理。渔港经营者按协议，负责渔港日常管理和维护。渔政监督管理机构对渔港设施的维护实施监督。”十六、将第二十条改为第十九条，将“工商、税务、公安和卫生”修改为“公安、卫生健康、市场监管、税务”。十七、将第二十一条改为第二十条，修改为：“禁止在渔港港池、锚地、航道、避风塘从事捕捞作业和养殖生产。”十八、将第二十五条改为第二十四条，将第一款修改为“任何单位和个人未经允许不得在渔港码头摆设摊档、堆放杂物或者进行其他妨碍渔港码头秩序的活动。”
将第二款中的“渔港监督机关”改为“渔港经营者”。
增加一款，作为第三款：“取得渔港经营权的渔港经营者，按照经营协议，具体实施渔港码头秩序管理工作。”十九、将第二十九条改为第二十八条，修改为：“船舶进出渔港，应当遵守渔港管理章程，并向渔港所在地的渔政监督管理机构报告，接受安全检查。渔业船舶不得超越核定的航区航行和生产作业。
“当港内停泊渔船数量超过容纳量，或特殊天气风力超过渔港所能承受的等级，以及出现其他严重影响渔港渔船安全的情况时，渔港所在地渔业主管部门可以根据实际或者防台风指挥机构的指令采取有效疏港措施，发布实施驶离危险水域、船舶转港等指令。”二十、将第三十条改为第二十九条，将“接受当地渔港监督机关的管理”修改为：“向渔政监督管理机构报告，接受当地渔政监督管理机构的管理”。二十一、将第三十一条改为第三十条，将“《中华人民共和国对外国籍船舶管理规则》”改为“外国籍船舶管理”。二十二、将第三十二条改为第三十一条，修改为：“在渔港内从事生产、经营或者使用渔港设施的单位和个人，应当按照有关规定缴纳有偿使用费。有偿使用费依法实行政府指导价或政府定价的，应当按照规定执行。”二十三、将第三十四条改为第三十三条，修改为：“渔业船舶发生事故或者遇险的，应当立即向海上搜救机构、渔业主管部门或者渔政监督管理机构报告；接到报告的单位，应当迅速核实情况，组织救助，同时向当地人民政府及有关部门报告或者通报。”