船舶在出境或入境过程中可以隐瞒疫情吗

不可以。
船舶所有人、经营人、船长等均不得隐瞒疫情，否则将面临行政处罚。
《国境卫生检疫法实施细则》第十五条：在国境口岸以及停留在国境口岸的交通工具上，发现检疫传染病、疑似检疫传染病，或者有人非因意外伤害而死亡并死因不明时，国境口岸有关单位以及交通工具的负责人，应当立即向卫生检疫机关报告。
《国境卫生检疫法实施细则》第一百零九条：《国境卫生检疫法》和本细则所规定的应当受行政处罚的行为是指：(七)隐瞒疫情或者伪造情节的;
《国境卫生检疫法实施细则》第一百一十条：具有本细则第一百零九条所列第(六)至第(九)项行为的，处以1000元以上1万元以下的罚款。”

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在沿海水域，根据中华人民共和国海上海事行政处罚规定（交通运输部令2015年第8号）第二十四条，处以1000元以上1万元以下罚款；情节严重的，并给予扣留船员适任证书6个月至24个月直至吊销船员适任证书的处罚。发生事故的，按照第二十五条的规定给予扣留或者吊销船员适任证书的处罚。
在内河水域，根据中华人民共和国内河海事行政处罚规定（交通运输部令2015年第9号）第十七条，对违法船舶处以1000元以上1万元以下罚款；情节严重的，还应当对责任船员给予扣留船员适任证书或者其他适任证件3个月至6个月直至吊销船员适任证书或者其他适任证件的处罚。