能否抵扣要根据费用收取方及开具的发票情况来判断。
目前，出口企业支付国际海运费用有两种情况：一是支付给货物运输代理公司，这是实务中最常见的方式；一是直接支付给从事国际远洋运输的公司，一般不多见。“营改增”试点后，出口货物支付的国际运输费用能否抵扣存在争议。笔者认为，能否抵扣要根据费用收取方及开具的发票情况来判断。
第一种取得的由货物运输代理公司开具的名为代理海运费的增值税专用发票可以抵扣。相关企业财务人员甚至部分税务干部对于货物运输代理公司开具的名为“代理海运费”的增值税专用发票能否抵扣存有疑义，实际是源于惯性思维。《国家税务总局关于增值税一般纳税人支付的货物运输代理费用不得抵扣进项税额的批复》（国税函〔2005〕54号）规定，国际货物运输代理业务是国际货运代理企业作为委托方和承运单位的中介人，受托办理国际货物运输和相关事宜并收取中介报酬的业务。因此，增值税一般纳税人支付的国际货物运输代理费用，不得作为运输费用抵扣进项税额。提醒大家注意的是，国税函〔2005〕54号文中提到的是“不得作为运输费用抵扣进项税额”。
“营改增”试点后，货物运输代理公司与从事国际远洋运输的公司增值税计税方法不同，开具的发票也不同。《财政部、国家税务总局关于在上海市开展交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2011〕111号，注：自2013年8月1日起废止）对货物运输代理服务进行了详细界定，自2013年8月1日起执行的《财政部、国家税务总局关于在全国开展交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点税收政策的通知》（财税〔2013〕37号），其附件1《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点实施办法》第十二条第三款规定，提供现代服务业服务（有形动产租赁服务除外），税率为6%。第十三条规定，增值税征收率为3%。在应税服务范围注释中规定，货物运输代理服务属于“部分现代服务业”中的“物流辅助服务”，并对货物运输代理服务进行了更全面的定义。即接受货物收货人、发货人、船舶所有人、船舶承租人或船舶经营人的委托，以委托人的名义或者以自己的名义，在不直接提供货物运输服务的情况下，为委托人办理货物运输、船舶进出港口、联系安排引航、靠泊、装卸等货物和船舶代理相关业务手续的业务活动。既然货物运输代理服务是应税服务，增值税的计算方法包括一般计税方法和简易计算方法，并可以开具增值税专用发票，只要认证比对无误就可以抵扣。
案例1
某公司2013年8月出口一批灯具，报关单上显示成本加运费价（C&F）为20000美元，其中海运费200美元，汇率为1：6.4，运费取得货代公司开具的增值税专用发票（金额为1207.55元，税额为72.45元）已通过银行付款，发票认证比对无误，8月作如下会计处理：
借：其他应付款 1207.55
应交税费——应交增值税（进项税额） 72.45
贷：银行存款 1280
借：应收账款 128000
贷：主营业务收入 126792.45
其他应付款 1207.55。
公司账上确认的出口收入是126792.45元。在出口退税申报时，由于应按离岸价（FOB）申报，公司在出口退税申报表申报出口收入20000×6.4－1207.55＝126792.45（元）。
第二种取得的由从事国际远洋运输的公司开具的名为海运费的发票不存在抵扣的问题。自2013年8月1日起执行的财税〔2013〕37号文件附件4《应税服务适用增值税零税率和免税政策的规定》第一条规定，中华人民共和国境内（以下称境内）的单位和个人提供的国际运输服务、向境外单位提供的研发服务和设计服务，适用增值税零税率。第四条规定，境内的单位和个人提供适用零税率的应税服务，如果属于适用增值税一般计税方法的，实行免抵退税办法，退税率为其按照试点实施办法第十二条第（一）至（三）项规定适用的增值税税率；如果属于适用简易计税方法的，实行免征增值税办法。外贸企业兼营适用零税率应税服务的，统一实行免退税办法。既然适用免抵退税或免征增值税办法，自然无法开具增值税专用发票，因此，从事国际远洋运输业务的公司开具的海运费发票，不存在抵扣的问题。
案例2
某公司2013年8月出口一批灯具，报关单上显示C&F价为20000美元，其中海运费200美元，汇率为1：6.4，取得从事国际远洋运输业务的公司开具名为海运费的普通发票，已通过银行付款。8月作如下会计处理：
借：其他应付款 1280
贷：银行存款 1280
借：应收账款 128000
贷：主营业务收入 126720
其他应付款 1280。
公司账上确认的出口收入是126720元。在出口退税申报时，由于应按FOB价申报，公司在出口退税申报表申报出口收入（20000－200）×6.4＝126720（元）。