一、关于《条例》第一章总则部分
(一)“中方投资人的出资额不得低于50％”的含义为包括50％在内。
就企业法人而言，“出资额”可以是中方法人或自然人的股份之和。对合资企业法人的船舶，在办理所有权登记时，船舶登记机关应当查验合资企业的验资报告，确认“合资额”。境外中资企业在境内投资开办航运企业，其出资额是否计算为中方投资人的出资额，应视具体情况报我局审核后确认。
中国公民或法人与外国公民或法人共有的船舶，参照第二条的规定，中方出资额不低于50％的，可予以登记。
“中方出资额”不包括港、澳、台资本。
在主管机关对外商独资或投资比例超过50％的非运输船舶如何办理登记问题尚未明确之前，此类船舶暂不予登记。
(二)“公务船舶”，是指隶属于政府行政管理部门的，并用于政府行政管理目的的船舶；
“军事船舶”，是指军队现役的或在编的，用于执行军事任务或运送军事人员、物资，并不收取运费或其他任何形式报酬的船舶；
“体育运动船艇”指隶属于体育管理系统的，并直接用与体育运动比赛或训练的船舶。
(三)船舶登记机关对住所在其辖区内的船舶所有人的船舶享有登记管辖权。船舶为数人共有的，依据持有最大份额的共有人的住所确定登记管辖权，最大份额相同的，由共有人协商确定。特殊情况，由船舶登记主管机关指定的船舶登记机关对其实施登记管辖权。船舶选择其船舶登记机关所辖港口之一作为船籍港。
(四)登记簿中记录的船舶价值是船舶所有人在取得船舶所有权时的船舶价值。如，购船发票、购船合同中载明的船舶价格。
(五)船舶登记证书中的建成H期，应为船舶原始建造时的建成日期。新造船舶在进行检验前，其所有权登记证书上的船舶建成日期可登记为船舶原始建造的交接文件所载日期，但船舶检验之后，其船舶登记证书载明的建成日期应和船舶检验证书一致。船舶经重大改建的，建成日期仍填写原建成日期，改建日期应在证书中注明。
二、关于《条例》第二章船舶所有权登记部分
(六)“未进行抵押的证明文件”，在国内买卖船舶时由原船籍港登记机关出具；从境外购进船舶时由境外原船籍港登记机关出具或由境外公证机关出具。
(七)“建造中的船舶”，是指已安放龙骨或处于相似建造阶段的船舶。
(八)依法拍卖的船舶包括经法院裁定、判决拍卖的船舶和依法被国家执法机关罚没后拍卖的船舶。
上述船舶在办理注销登记时，如无法交回原船舶登记证书，则登记机关应公告原证书作废，公告费用由申请人承担。
(九)申请人不能提供船舶所有权证明文件的，船舶登记机关不得办理船舶所有权登记。
三、关于《条例》第三章船舶国籍部分
(十)船舶所有权登记证书和船舶国籍证书应当使用相同的号码。编号方法由主管机关另行统一规定。
(十一)购置或光船租进外国籍船舶，应严格遵守《老旧运输船舶管理规定》(2001年交通部2 令)等国家有关规定。对违反规定的船舶不得予以登记。
(十二)对从境外购买的原具有外国国籍的船舶，在船舶所有人递交船舶国籍登记申请时，如不能及时提供原船旗国船舶登记机关出具的注销原国籍的证明书，可以依据所有权取得的证明文件办理期限不超过三个月的临时船舶国籍证书，在取得原件后方可办理正式的船舶国籍证书。
(十三)对境内异地建造的船舶，船舶所有人凭建造合同和交接文件申请办理临时国籍证书。
新造船舶试航，船舶所有人持造船合同和有效的船舶技术证书到建造地船舶登记机关办理临时国籍证书。
在境外购买并接收的外国籍船舶，船舶所有人可以比照从境外购买新造船舶的规定，到我国驻外使领馆申请办理临时船舶国籍证书。
在船舶所有人申请办理临时船舶国籍证书时，可不以船舶已取得船舶所有权登记证书为必需的前提条件。
临时船舶国籍证书的编号方法，由主管机关另行统一规定。
(十四)颁发给予光船条件从境外租进的船舶的临时船舶国籍证书的有效期限，原则上与租赁合同的期限相同。但是，如果租赁合同的期限超过2年，则应当在初次颁发的证书2年期限届满后，比照初次的办法办理新的临时船舶国籍证书。
(十五)持我国驻外使领馆申领的临时船舶国籍证书驶抵国内第一港口后，除非经主管机关特别批准，均应在离开该港1-1前取得由船舶登记机关核发的船舶国籍证书。
四、关于《条例》第四章船舶抵押权登记部分
(十六)船舶抵押权登记证书未经注销不失效。船舶抵押合同变更，由船舶抵押人和抵押权人共同到船籍港船舶登记机关办理变更登记。但船舶设有多个抵押权的，应征得登记顺序在其后的抵押权人的同意。无法取得其他抵押权人同意，但仍需继续抵押的，应先注销再重新登记，登记日期为重新申请并被受理的日期。
(十七)按照《船舶登记条例》第二十三条办理船舶抵押权转移手续时，向承转人核发的船舶抵押权登记证书中抵押登记申请日期仍填写原抵押权登记证书的抵押权登记申请日期，证书签发日期为实际签发日期。
(十八)抵押人以多艘船舶共同担保同一债权时，应看作多个抵押物担保同一个债权。船舶共同担保的债权数额不得超出作为抵押物的多艘船舶在抵押时的总价值。已设定共同担保的船舶，应视做一个不可分的整体，可共同为多个债权做担保，但各艘船舶不得再单独作为抵押物担保其他债权。
为共同担保的船舶核发抵押权登记证明书时，每艘船舶担保的债权数额均应填写抵押合同载明的共同担保的主债权数额。但在抵押权登记证明书的备注栏内应注明“xx(船名)、xx、xx共x (艘数)艘船舶共同担保xxx(债权数额)元债权”。
(十九)抵押双方申请最高额抵押时，必须提交借款合同和最高额抵押合同，因最高额抵押权担保的债权为不特定将来债权，抵押双方需约定债权的最高限额和决算期，最高限额债权不得超出抵押船舶的抵押当时价值。
(二十)未进行抵押的证明文件格式由主管机关统一制定。
五、关于《条例》第五章光船租赁登记部分
(二十一)船舶以光船条件出租给本国自然人时，光船租赁登记的办法可以比照出租给本国企业的规定执行。
(二十二)关于光租中国籍船舶在境内光租的，应严格按照《船舶登记条例》和《船舶登记工作规程》的有关规定办理光租登记和变更登记。对于船舶未取得国籍证书而直接光租的，核发国籍证书时，船舶经营人为船舶承租人，证书有效期与光租截止日期相一致，光租期超过五年的，证书有效期为五年。
原则上国籍证书的有效期为五年，老旧运输船舶的国籍证书按有关规定核发，不受光租起止日期的限制。光租到期的船舶，如继续光租，应重新办理光租登记；如不再光租，应办理变更登记，将船舶经营人由光船承租人变更为实际经营人或使用人。不按规定办理变更的船舶，按有关规定进行处罚。
(二十三)船舶以光船条件出租境外的，船籍港登记机关在办理光船租赁登记时，应中止或注销其国籍，封存或注销原发船舶国籍证书，并核发光船租赁登记证明书，必要时还需核发有效期以可以抵达预定登记港办理交接所需时间为限的临时船舶国籍证书。
(二十四)对光船租赁合同期满，出租人、承租人申请办理续租登记的，应当视为新的租赁合同订立，注销原光船租赁登记后重新办理光船租赁登记，并按初次登记标准，收取登记费用。
六、关于《条例》第六章船舶标志和公司旗部分
(二十五)受船型或者尺寸限制不能按规定位置标明标志的船舶，是指趸船、挂桨机船、小型农船和登记机关认为适当的其他船舶。这类船舶须统一使用船名牌(大型挂桨机船，经登记机关批准，可以不使用船名牌)。船名牌的规格和使用要求，按中华人民共和国交通部颁布的相关标准执行。
(二十六)受理船舶所有人设置船舶烟囱标志、公司旗登记的申请时，应收取一式五份标准设计图纸，并将其中的三份报送主管机关审核和统一安排公告，公告费用由船舶所有人承担。
七、关于《条例》第七章变更登记和注销登记部分
(二十七)变更船籍港的“变更证明文件”，是指有关工商行政管理部门核发的营业执照注册地变更的证明，或者公安部门核发的户籍变更的证明。
办理船籍变更登记时，原船籍港登记机关应当收回相关证书，注销原登记，并移交船舶登记档案给新船籍港登记机关，必要时核发有效期以可以抵达新船籍港办理新证书所需时问为限的临时船舶国籍证书。新船籍港登记机关仅收取证书工本费及有关手续费，不再收取登记费用。
(二十八)对于所有权转移前后均在同一登记机关办理登记的船舶，也应在注销原船舶登记后，重新办理船舶登记。
当船名发生变更时，应核发一本新证书。
(二十九)船舶所有权发生转移的，原船籍港登记机关在办理注销登记时，应当收回原发船舶登记证书，并向船舶所有人出具船舶所有权登记和国籍登记注销证明书，必要时核发有效期以可以抵达新船籍港办理新证书所需时间为限的临时船舶国籍证书。船舶所有人必须提交注销证明书正本
(三十)对经审查核实确已沉没的船舶，发生在本国管辖水域以内的，可以办理船舶国籍注销登记；船舶所有权的注销应当按照国家关于沉船沉物的管理规定执行。发生在前述水域以外的，如所有人提出申请，可以一并办理船舶国籍和所有权注销登记。
(三十一)船舶担保的主债权消灭或船舶抵押合同解除，抵押权人和抵押人应按规定申请注销船舶抵押权登记。办理注销登记时，登记机关应当收回原发抵押权登记证明书，并核发相应的注销证明书。
(三十二)一艘船舶，在我国船舶登记机关登记后，无论其所有权和船籍港如何变化，均应只有一个档案。
八、关于《条例》第八章船舶所有权登记证书、船舶国籍证书的换发和补发部分
(三十三)换发的船舶国籍证书的有效期限，应以实际换发的日期起算。但是，由于污损不能使用而换发的，有效期限与原发船舶国籍证书的有效期限相同。
(三十四)船舶所有权登记证书、船舶国籍证书遗失，持证人申请补发时，应当由船舶登记机关在发行覆盖范围与该船航行范围相适应的官方报纸上连续3天刊登公告(费用由船舶所有人承担) 声明原发证书作废，后予以补发。所有权证书的补发应在公告三个月后进行，实际签发日期即为补发日期。签发日期后应注明补发字样。补发的国籍证书的有效期限应与原发相应证书的有效期限相同。
九、其他事项
(三十五)船舶所有权取得日期应当为船舶实际交接日期。双方当事人对所有权取得日期另有约定的，以其约定的日期为准。
(三十六)船舶经重大改建，不论改变了其船舶种类、用途或主尺度中的一项或全部，均应进行变更等记．不应按初次登记处理。