（一）广州市防汛防旱防风总指挥部办公室
负责防汛防旱防风总指挥部的日常工作；负责组织、协调、监督、指导全市防洪排涝工作，对全市重要水利工程实施防汛、防风、抗旱调度。
（二）广州市水库移民工作领导小组办公室
负责贯彻执行中央、省和市有关水库移民工作方针、政策；处理水库移民的遗留问题，协调、指导水库移民安置、扶持工作和移民村基础设施建设。
（三）广州市水务局机关服务中心（市水务信息中心）
负责局机关固定资产管理和后勤服务、局机关计算机信息网络管理维护和水务信息化建设等工作。
（四）市城市排水监测站（市水质监测中心、市水土保持监测站）
负责江、河、湖、库水质水量监测和城乡供水、排水水质监测以及水土保持监测等工作。
（五）市水务工程建设管理中心（市水务工程招投标管理办公室）
负责水务工程规划和项目设计的技术审查及水务工程招投标管理等工作。
（六）广州市水务工程质量安全监督站
负责市属水务工程质量和安全生产监督管理工作，指导区、县级市水务工程质量安全监督工作，查处水务工程建设的质量安全事故和违法违规行为。
（七）广州市河涌管理处
负责组织实施《广州市河涌管理规定》和市区河涌及防洪排涝工程的建设管理，负责中心城区河涌、人工湖及黄埔涌水闸和车阪涌、猎德涌、沙河涌引水工程的运行管理等工作。
（八） 广州市珠江堤防管理处
负责珠江干流广州段堤防的建设管理和建成堤防的管理维护等工作。
（九）广州市流溪河流域管理委员会办公室（市白泥河堤防管理处）
承担流溪河流域管理委员会的日常工作，组织实施《流溪河流域管理规定》；负责白泥河流域管理；组织实施流溪河、白泥河干流堤防工程的建设管理。
（十） 广州市污水治理工程管理办公室( 广州市排水设施管理中心 )
负责城乡污水治理和城市排水工程的组织实施，指导排水设施日常管养维护工作并实施监督管理。
（十一） 广州市流溪河灌区总管理处
负责流溪河灌区工程日常维护、安全运行等管理工作。
（十二）广州市李溪拦河坝灌区管理处
负责李溪拦河坝工程日常维护、安全运行等管理工作。
（十三） 广州市梅州水库管理处
负责梅州水库工程的日常维护、安全运行及其附属电站的管理工作，负责梅州水库移民的管理工作，负责组织实施水库的防汛、防旱工作。
（十四）广州市黄龙带水库管理处
负责黄龙带水库工程的日常维护、安全运行及其附属电站的管理工作，负责组织实施水库的防汛、防旱工作。
（十五） 广州市白云湖水利工程管理处
负责白云湖水利工程的日常维护和相关管理工作。
（十六） 广州市二次供水技术咨询服务中心
负责对自来水生产、输配水全过程水质实施监测和管理工作，特别是居民二次供水水池的抽样监测、水质监督检验，为广州市二次供水行业提供技术业务咨询、指导和援助服务；对室内给水设施、建造、维修、保洁及新型器材提供安全技术性能检测和推广应用等服务。
（十七） 广州市水务科学研究所
提供大坝安全测控、水雨情预报系统、闸门自动控制系统、水利工程信息管理及决策支持等软件的设计与施工服务，提供建筑材料试验、水土试验、建筑物变位观测，水利水电工程监理等服务。
（十八）广州市水务规划勘测设计研究院
承担我市水务发展综合规划研究的具体工作；承担大中型水利水电工程、供排水工程、防灾减灾工程、灌区工程、内涝及水环境综合治理工程的项目咨询、勘测和设计工作；承担对水务工程建设、三防抢险和水毁工程恢复重建等涉水工程安全的专题论证工作。