京杭运河的流向、水源和排蓄条件在各段均不相同，非常复杂，流向总体概括为四个节点、两种流向： 节点1 天津（海河）以北的通惠河、北运河向南流；节点1与节点2 东平湖 之间的南运河、鲁北运河向北流；节点2与节点3长江（清江）之间的鲁南运河、中运河、里运河向南流；节点3与节点4长江以南的丹阳之间河段向北流；丹阳以南河段（江南运河）向南流。 京杭大运河济宁段通惠运河 历史性通航河道。由于清末实行“停漕改折”政策和20世纪以来铁路、公路交通发展，货物转为陆运，加之水源不足，航道失修,至50年代初期，仅有少量船只作间歇性通航。目前该河主要用作北京市排水河道，已不能通航。 北运河 长约180公里,集水面积5.11万平方公里，由天津注入海河。除屈家店至天津段15公里可供小船作季节性通航外，其余河道均不能通航。 南运河 又名御河，长414公里。四女寺至临清段称卫运河，长94公里。天津至四女寺段航道窄狭弯曲，底宽15～30米，水深约 1米，建有杨柳青、独流、北陈屯、安陵4座船闸，可通航100吨级船舶。由于上游水库拦蓄，两岸农田灌溉，加之年久失修，现已处于断航状态。卫运河底宽30米,水深约10米，建有四女寺、祝宫屯船闸，可通航100吨级船舶。由于上游岳城水库畜水，截走水源，尤当卫运河扩大治理后，航道情况骤然恶化。 鲁北运河 也称位山、临清运河，原河段已淤塞。1958年另选新线，长104公里，但未开挖。1960～1968年,根据引黄输水要求，开挖了周店至尚店76公里渠道，两头河段尚未开挖。 鲁南运河 国那里至梁山段称东平湖湖西航道，长20公里，1968年虽经疏浚整治，但河道严重淤积，水深不足，尚不能通航。梁山至南旺段长33.8公里，枯水期航道水深0.5米，每年可通航6个月,为季节性航道。南旺至济宁段长27.1公里，底宽15米，枯水期水深0.5米，每年仅通航6个月，为季节性航道。济宁至二级坝段长78.1公里，航道顺直，枯水期水深1米以上，底宽50米,可通航100吨级船舶。 中运河 二级坝至大王庙段原来是走韩庄、台儿庄一线。1958年在江苏省境内新辟南四湖湖西航道及不牢河河段，使河道经徐州市北郊通过，至大王庙与中运河汇合。大王庙至淮阴段仍循原来河道南下，长163公里。徐州以下河段，经近年分段拓宽，航道一般底宽45～60米，水深3米以上，已可通航500～700吨级以上拖带船队。是为徐州煤炭南运主要线路。 里运河 全长169公里，其入江口原在瓜洲，1958年改至六圩入江。近年屡经整治，航道底宽一般达70米，水深3米以上，可通航1000吨级拖带船队。年运货量1500万吨左右。 江南运河 自长江南岸谏壁口经丹阳、常州、无锡、苏州、平望至杭州。其中，平望至杭州有3条航线，即东、中、西线，如以东线计算,全长323.8公里，大部分底宽20米，水深2米，一般可通航40～100吨级船舶，年货运量达1600余万吨。