船舶安全管理体系是指：能使公司人员有效执行公司安全和环境保护方针结构和相关文件体系。包括：安全管理手册、船舶安全手册、航海日志、法定的其他海事文件和证书、航行文件、甲板操纵、机仓操纵、应急程序、防污染措施、通讯程序、船舶与机器维护计划、安全设备表、船员训练计划等。
为提高航运公司安全与防污染管理水平，保障水上交通安全，防止船舶污染水域环境，根据《中华人民共和国海上交通安全法》、《中华人民共和国内河交通安全管理条例》、《国务院对确需保留的行政审批项目设定行政许可的决定》等法律、行政法规以及我国缔结或者加入的相关国际公约，航运公司应当建立、健全安全与防污染管理制度并文件化，完善安全与防污染条件，保障船舶安全，防止船舶污染水域环境。
文件中规定并确保向船舶提供足够的资源和岸基支持，对安全与防污染工作进行监控，保持船岸之间的有效联系。
文件中确定安全与防污染管理的方针和目标，并指定本公司主要负责人为安全与防污染工作的第一责任人。
文件中明确任命适任的安全与防污染管理人员，并明确其岗位职责。主要安全与防污染管理人员不得在船上兼职或者跨航运公司兼职。
文件中明确配备满足最低安全配员要求的适任船员。应当确定船长在船舶安全与防污染管理方面的最终决定权。
文件中建立教育培训制度，加强和规范安全与防污染知识的教育和培训，确保相关人员熟悉安全与防污染的有关规定和操作规程，掌握相应的操作技能，并提高对船舶安全与防污染的应急反应能力。
文件中建立船舶安全与防污染监督检查制度，确保对船舶及其设备进行有效的维护和保养。
文件中确立根据船舶的种类、航区等因素制定相应的岸基、船岸和船舶应急预案，并定期组织训练演习。
上述所指的文件，即为船舶安全管理所建立的文件化的体系。
航运公司安全管理体系经过审核，由中华人民共和国海事局及其指定的海事管理机构对符合条件的航运公司签发相应的安全与防污染能力符合证明（以下简称符合证明）或者临时符合证明，对符合条件的船舶签发相应的安全管理证书或者临时安全管理证书。
审核、发证应当符合《中华人民共和国海事行政许可条件规定》规定的条件，并按照《交通行政许可实施程序规定》及中华人民共和国海事局制定的审核发证规则和审核发证程序执行。