因为经费所限，福州船政局的造船能力只能说一般，不仅不如西方列强，后来还被日本反超。1866年6月25日，闽浙总督左宗棠上奏清廷，要求在福建学习西方技术，开办船厂制造新式军舰。此时洋务运动方兴未艾，清廷对于这一要求迅速做出答复，同意了左宗棠的请求，命他立即选址动工。
福州船政局
9月25日，左宗棠奉命调任陕甘总督，有吴棠接任闽浙总督一职。为了避免福州船政局的建设受到影响，左宗棠特意保举沈葆桢接任船政大臣，负责福州船政局后续建造和管理事务。也正是因为沈葆桢的全力支持下，福州船政局建造过程非常顺利。1868年1月28日，福州船政局已经开始建造第一艘蒸汽舰船。
福州船政局建造的第一艘蒸汽船是一艘法式炮舰，在1869年完工，被命名为“万年清”号。“万年清”正常排水量1450吨，最大航速12节，可装备10门火炮，采取了传统的船旁列炮式布局，每侧5门。
“万年清”号的模型
因为左宗棠提出福州船政局的船只要兵商两用，所以“万年清”号上加了一个大货舱，所以吨位和火炮比要略逊于西方类似炮舰。不过“万年清”的总体技术水平和当时西方列强的炮舰还是大致相当的。而日本1876年所自己建造的第一艘西式炮舰“清辉”号吨位、航速也不如“万年清”，因此福建船政局的起点不低。
沈葆桢后来发现军舰兵商两用并不现实，作为军用，军舰有货舱严重影响生存力，火炮数量不足，而加装了大量火炮以后跑运输又不经济，所以改为制造专门的军舰。
此后福州船政局陆续建造了“扬武”、“威远”、“开济”等舰。都与同时代西方的炮舰、巡洋舰相当。因此这一时期的福州船政局虽然还不能造铁甲舰，但是就中小型军舰来说，福州船政局的技术水平并不落后。
然而福州船政局的经费有限，而且是固定不变的。所以在后来就变成了造的越多亏损越多。自左宗棠、沈葆桢去世以后，福州船政局日益边缘化。因此在1884年以后，福州船政局就逐步被日本追上了。
像此后福州船政局造的最大的军舰，是“平远”号近海防御铁甲舰。虽然挂这一个铁甲舰的名字，但是其吨位只有2150吨。而同时期日本已经可以建造4278吨的海防舰“桥立”、3150吨的防护巡洋舰“秋津洲”。福州船政局不仅落后于西方列强，连日本的水平都赶不上了。