第一条 为加强长江干线船舶港务费（以下简称船舶港务费）征收工作，维护水上交通安全管理，根据《中华人民共和国内河交通安全管理条例》的有关规定，制定本办法。第二条 凡进出长江干线港口从事国内航线运输和经营性作业的船舶均应按本办法缴纳船舶港务费。第三条 交通部长江港航监督局及其设置的船舶港务费征稽机构（以下简称征稽机构）具体负责其管辖范围内船舶港务费的征收、征稽工作。第四条 船舶港务费作为预算外资金，按照《国务院关于加强预算外资金管理的决定》（国发〔1996〕29号）的规定，实行收支两条线管理，严禁任何单位和个人截留、坐支、挪用。第五条 船舶每进港或出港一次，分别征收进口或出口船舶港务费每净吨（马力）0.55元。第六条 船舶港务费以船舶净吨（无净吨按总吨，无总吨按载重吨，无载重吨按500吨计）或马力为计费单位，不满1吨或1马力，按1吨或1马力计。
非机动船舶以船舶净吨计费；机动船以船舶净吨或马力，两者择大计费；拖驳船队以驳船净吨计费。第七条 在中途港口停靠的客轮、客货轮，以船舶净吨的1/30，按规定费率计征；在中途港口停靠的货轮（含驳船船队），以中途装卸的货物吨数或加减集装箱（含空箱）的箱数（40英尺标准箱按20吨计，20英尺标准箱按10吨计），按规定费率计征。
从事经营性水上、水下施工、作业的工程船，每进港或出港一次，分别按规定费率计征。泥驳船和耙吸船每三十天（不足三十天按三十天计）计为进、出港各一次，按规定费率计征。
挖沙船、汽车、火车轮渡每3天（不足3天按3天计）计为进、出港各一次，按规定费率计征。第八条 下列船舶免征船舶港务费：
（一）执行国防、公安、消防、海关、水上监督、防洪、抢险任务和测量、水文、检疫、医疗、环保、科学勘察、体育活动、长江干线航道整治、维护的船舶以及无进出港口行为的港口作业船舶；
（二）避难、遇难和施救船舶；
（三）换拖不换驳的驳船（重新办理托运者除外）；
（四）城（镇）区内营运的对江客轮渡。
前款规定免征船舶港务费的船舶，如改变用途从事港区间经营业务，也应按规定交纳船舶港务费。第九条 船舶应在进、出港口时，按规定标准一次付清船舶港务费。
征稽机构可与船舶所有人或经营人商定缴费方式，也可实行定额包干计征，并签定缴费协议。
征稽机构可委托有关单位代征船舶港务费，并签定代征协议。第十条 征收部门执收时，必须按国家规定使用财政部统一制发的行政事业性收费专用票据。具体办法由财政部商交通部另行制定。第十一条 船方必须接受征稽机构的稽查，主动提供、报告与缴纳船舶港务费有关的船名、数量、吨位（功率）、起讫港、中途停靠港及中途装卸货物的吨数或加减集装箱等凭据、资料。第十二条 对违反本办法逾期不缴纳船舶港务费的，征稽机构除追缴费款外，并应从结算的次日起，按日核收应缴船舶港务费5‰的滞纳金。
对偷缴、抗缴船舶港务费的，征稽机构有权追缴费款、不予办理船舶出港手续，并可依据《中华人民共和国内河交通安全管理条例》，视情节轻重，给予处罚。第十三条 缴费人对征稽机构作出的行政处罚决定如有异议，可依法申请复议，或直接向人民法院提起诉讼。缴费人在法定的期限内既不申请复议又不履行行政处罚决定的，征稽机构可依《中华人民共和国交通安全管理违章处罚规定》强制执行或者申请人民法院强制执行。第十四条 对围攻、污辱以及殴打执行公务的征稽人员的当事人和主要责任人，违反治安管理规定的，由公安部门依法处理；触犯刑律的，追究其刑事责任。第十五条 征稽人员在执行公务时，应主动出示交通部长江港航监督局制作的“长江港航监督局船舶港务费征稽证”，做到文明执法，礼貌待人。第十六条 本办法所称“长江干线港口”是指重庆、涪陵、万县、巴东、宜昌、枝城、荆沙、监利、城陵矶、洪湖、武汉、黄石、武穴、九江、安庆、池州、铜陵、芜湖、马鞍山、南京、镇江、高港、江阴、张家港、南通港和所辖站、点及企、事业单位的自建、使用、租用的码头、泊位及用于过驳的生产锚地。第十七条 进出长江港口航行国际航线的船舶和长江国际旅客旅游船的船舶港务费的征收按《交通部港口费收规则（外贸部分）》执行。其中，长江国际旅客旅游船的船舶港务费的征收每进出港口各港只计收一次。