1、航行的主体不同
过境通行制度适用于所有船舶，不论商船或军舰；而无害通过基本适用于商船，关于军舰的无害通过在国际上有争议。
过境通行既适用于船舶也适用于飞机，而无害通过仅适用于船舶，飞机没有无害通过的权利潜水艇在行使无害通过权时，必须露出水面航行并展示其旗帜，而在过境通行时没有此种限制，即可以在水下航行。
2、适用的范围不同
过境通行适用于公海与专属经济区的一部分与公海和专属经济区的另一部分之间的用于国际航行的海峡；无害通过适用于领海。
3、是否可以被沿海国终止不同
特殊情形下，沿海国可以终止外国船舶在本国领海的无害通过。过境通行权不受沿海国的阻碍或中止。
扩展资料：
船舶和飞机在行使过境通行权时，必须：
1、必须继续不停地、迅速地驶经或飞越海峡；
2、避免对海峡沿岸国的主权、领土完整或政治独立施加任何武力威胁或使用武力，或以任何其他方式违反联合国宪章所包含的国际法原则；
3、避免作以通常方式进行不间断地和迅速地航行所附带发生的活动以外的任何活动，但因不可抗力，因遇难或为拯救遇难时所必需者不在此限。
防止非无害通过的方式：
1、制定关于无害通过其领海的法律和规章制度，但要符合该公约和其他国际法规章；
2、设置禁渔区或其他区；
3、暂时规定在某一领海区域禁止无害通过；
4、规定无害通过的航区；
5、建立监测监视制度；
6、进行海上巡逻；
7、对可疑船舶进行登临、检查、搜查、扣押或者必要的执行和处理；
8、对确定进行非无害通过的船舶或者军舰限期离开领海等。
参考资料来源：百度百科--过境通行权
参考资料来源：百度百科--无害通过权
无害通过权，是指所有国家，不论为沿海国或内陆国，其船舶在不损害沿海国和平、良好秩序或安全的前提下，不需要经过许可，均享有自由通过它国领海的权利。 过境通行权，是指在公海或专属经济区的一部分或公海或专属经济区的另一部分之间用于国际航行的海峡中使用过境通行制，所有船舶和飞机均享有过境通行权，即为继续不停和迅速过境的目的而行使航行和飞越自由的权利。 无害通过制度和过境通行制度是国际海洋法规定的两种不同的通行制度。 一、二者的主要区别： 1、适用范围不同。无害通过制度是适用于领海、部分用于国际航行的海峡和群岛水域；过境通行制度仅适用于在公海或专属经济区的一个部分和公海或专属经济区的另一部分之间的用于国际航行的海峡。 2、适用对象不同。无害通过制度只适用于船舶；过境通行制度是用于船舶和飞机。 3、通过的方式不同。行使无害通过权的潜水艇要浮出水面并悬挂国旗；行使过境通行权的船舶可以潜入水下航行。 4、通过的区域不同。无害通过制只涉及水域部分，不涉及领海的上空；过境通行制不仅涉及水域部分，也涉及专属经济区的上空。 5、对海峡的适用不同。过境通行制度和无害通过制度适用的海峡所处的地理位置不同。过境通行制度指所有外国船舶或飞机在公海或专属经济区之间的用于国际航行的海峡以继续不停和迅速过境为目的而行使的航行和飞越自由。无害通过制度应适用于下列国际航行的海峡：（1）海峡内有一条在航行和水文特征方面同样方便的穿过公海或穿过专属经济区的航道。（2）海峡是在公海或专属经济区的一部分和外国领海之间。（3）海峡由海峡沿岸国的一个岛屿和该国大陆形成而该岛向海一面有一条在航行和水文特征方面同样方便的航道。 6、对研究和测量活动的要求不同。对于无害通过，绝对不允许进行研究和测量活动；在过境通行时,非经海峡沿岸国事前准许，不得进行任何研究或测量活动。 7、船舶和飞机在通行时的要求或义务不同。 在无害通过制度中，海洋法公约对于在领海中通过的船舶有“无害”的要求。这些要求同时也是这些船舶的义务。在过境通行制度中，海洋法公约对于船舶和飞机的要求没有这么严格。 二、主要法律规定。 《联合国海洋法公约》第十七条规定：在本公约的限制下，所有国家，不论为沿海国或内陆国，其船舶均享有无害通过领海的权利。 第三十七条规定：（过境通行制度）适用于在公海或专属经济区的一个部分和公害或专属经济区的另一部分之间的用于国际航行的海峡。