集装箱运输是先进的运输方式之一，是交通运输现代化的重要标志，其优越性已被社会广泛接受，越来越多的货物装箱运输，集装箱运量逐年大幅增长。
近年来，虽然长江集装箱运输取得了飞速发展，但在发展过程中仍暴露了不少问题，主要表现在以下方面：
1．集装箱运输不平衡。因地区经济发展水平的不平衡、集装箱运输设施条件和经济结构的差异，导致长江集装箱运输存在两大不平衡，一是长江集装箱运输基本上是出口大于进口；二是出口以40英尺集装箱为主，而进口以20英尺集装箱为主，以至于20英尺集装箱与40英尺需求的不平衡，空箱调运率居高不下，集装箱运输成本难以下降。
2．集装箱运输系统缺乏统一规划。集装箱码头的发展和布局缺乏总体规划，以致集装箱运输发展存在一定的自发性，集装箱所需的各种软硬件设施欠缺。部分港口集装箱专用码头能力不足，造成船舶进港抢靠情况不断发生。一些港口缺乏集装箱装卸专用设备，不仅装卸效率低，船舶待港时间长，而且安全生产隐患大。有些港口锚地较少，造成船舶在江心等待，无处靠泊，增加了船舶营运成本。部分港口集装箱堆场能力不足，缺少集装箱货运站，货主在堆场进行拆、装箱等业务，堆场能力不能得到有效利用。各港集装箱管理水平也参差不齐，集装箱运输系统整体优势难以充分发挥。
3．集装箱市场监管力度尚待加强。长江集装箱运输发展速度虽较快，但立法工作和政策措施相对滞后，集装箱运输市场培育中出现的新情况、新问题不能及时解决。如我国政府已有规定，外国船公司不能经营内支线，但是一些外国船公司采取低价租船包舱，甚至以不收费方式为其干线班轮揽取集装箱，造成长江集装箱运输市场混乱，集装箱运价一降再降，多数船公司处于微利甚至无利的境地。此外，一些港口利用自身优势组建集装箱运输船队，在港口使费和靠泊等方面享受优惠待遇，甚至采用不正当手段为难相关船公司，在一定程度上加剧了航运市场的不规范竞争。
4．集装箱运输船舶技术状况差。除部分船公司拥有集装箱专用船外，多数集装箱船舶均由杂货船、散货船改装而成，这些船舶不仅船龄大、性能差、航速低、抗风浪能力弱，而且存在着船舶稳性低、船舶横向强度减弱、油耗大、驾驶台高度不够、运输成本高等问题。此外，还缺少技术水平较高的江海直达集装箱船，不利于内贸集装箱运输的发展。
5．集装箱运输规费有待调整。与海港相比，长江集装箱运输的规费征收标准过高，在一定程度上影响长江集装箱运输的发展。如海港空船不收船舶港务费，而长江港口则要征收。而且，长江各港口港务费收取标准为0.55元／净吨，而沿海仅为0.25元／净吨，长江船舶港务费用过高。同时，对于船舶港务费的实际征收标准各港也存在着差异，有悖于公平竞争。
6．内外贸同船运输问题尚未解决。海关从监管角度出发要求内外贸货物不能同船运输，但实际操作中仍有同船运输的现象存在，尤其是南京以上港口较为普遍。内外贸同船运输的原因：一是长江中、上游内贸集装箱运量不足，难以专船运输，而通过内支线运输船舶捎带内贸集装箱可提高船舶装载率，降低船公司营运成本；二是长江集装箱运输不同于铁路和公路，监管难度相对简单，易于控制。由于内外贸集装箱同船运输问题在政策上没有明确，各港海关的执法尺度存在差异，不利于内贸集装箱运输市场的培育和发展