《船舶营业运输证》是船舶合法经营资格的随船证明文书，一切从事国内营业性水路运输活动的船舶均须随船携带有效的船舶营业运输证。《中华人民共和国船舶营业运输证》作为船舶取得国内营运资格的证明，在水路运输行业管理中发挥了重要的作用。为加强对运输船舶的管理，防止老旧运输船舶和报废船舶在买卖转让过程中出现的篡改船龄等问题，促进我国船舶技术水平的提高。法律依据交通部《水路运输管理条例实施细则》第十五条：取得运输许可证或运输服务许可证的单位和个人，应在开业前按照《工商企业登记管理条例》的规定，持许可证向工商行政管理机关申请登记，经核准领取营业执照，方可营业。领取营业执照的水路运输企业和其他从事营业性运输的单位和个人，应持营业执照向原签发运输许可证的机关，按照拥有的船舶的艘数领取单船长期或临时《船舶营业运输证》1、该船或该船所属单位水路运输许可证； 2、该船或该船所属单位工商营业执照；3、该船所属单位税务登记证明；4、新增运力应持经批准的新增运力申请书；5、该船舶检验证书；(二)业户备齐上述材料连同《船舶营业运输申领表》递交所在地航运管理部门（含乡镇航管所），由所在地航运管理部门审核并签注意见后，逐级呈送至规定的船舶营业运输证签发部门。船舶营运输证的发放1、船舶营业运输证由船舶所有人户籍地县以上运输管理部门发放，异地发证视同无效。2、船舶营业运输证的发放权限：从事国内沿海运输的由省交通厅运输管理局负责办理；从事内河省际、市际间运输的由省厅运输管理局委托各市航运管理部门办理。3、船舶营业运输证签发部门在接到申请后的十五天内，对呈报文件进行审查，符合要求的发给船舶营业运输证；不符合要求或不予办理的，应在《船舶营业运输证申领单》上签署意见（其中不符合要求的应说明不符合要求的具体内容），并返还业户。4、船舶停航、变卖、报废后，船舶营业运输证应交回原发证机关。
先由旧船主办理船舶营运证注销手续。新船主持港航部门出具的《中华人民共和国船舶营业运输证注销登记证明书》到港航分局领取《船舶买卖、检验入(过)户呈批表》,加具单位意见并盖章(个体到村委或居委会加具意见并盖章);持已盖章的《船舶买卖、检验入(过)户呈批表》到海事部门办理船牌证件转让(过户)手续;填写在港航分局领取的 《国内水路运输登记事项申请表》、《安全管理责任书》,加具单位意见并盖章(个体到村委或居委会加具意见并盖章),个体还需由村委或居委会出具船舶买卖证明;持以上资料及新的船舶检验证书、船舶国籍证书、所有权登记证书等证件到港航分局进行初审,再由市港航局核发新的船舶营运证和水路运输许可证。(一)申领船舶营业运输证时，应填写《船舶营业运输证申领表》并报送下列材料：[1]1、该船或该船所属单位水路运输许可证；2、该船或该船所属单位工商营业执照；船舶营业运输证的申请程序3、该船所属单位税务登记证明；4、新增运力应持经批准的新增运力申请书；5、该船舶检验证书；(二)业户备齐上述材料连同《船舶营业运输申领表》递交所在地航运管理部门（含乡镇航管所），由所在地航运管理部门审核并签注意见后，逐级呈送至规定的船舶营业运输证签发部门。船舶营运输证的发放1、船舶营业运输证由船舶所有人户籍地县以上运输管理部门发放，异地发证视同无效。2、船舶营业运输证的发放权限：从事国内沿海运输的由省交通厅运输管理局负责办理；从事内河省际、市际间运输的由省厅运输管理局委托各市航运管理部门办理。3、船舶营业运输证签发部门在接到申请后的十五天内，对呈报文件进行审查，符合要求的发给船舶营业运输证；不符合要求或不予办理的，应在《船舶营业运输证申领单》上签署意见（其中不符合要求的应说明不符合要求的具体内容），并返还业户。4、船舶停航、变卖、报废后，船舶营业运输证应交回原发证机关。